Sistem perakaran tanaman jeruk bali adalah akar tunggang, dengan memiliki satu pangkal utama serta akan bercabang ke arah samping. Ukuran akar tunggang utama mencapai 4 meter di dalam tanah, akan tumbuh dengan kondisi tanah subur dan gembur. Karakteristik ujung akar tunggang ditutup dengan tudung akar yang berlendir, berfungsi sebagai pelindung akar agar tidak mudah patah saat menembus tanah. Pada ujung akar terdiri dari sel – sel muda yang senantiasa membela dan menjadi titik tumbuh tanaman jeruk tersebut.

Bentuk batang tanaman jeruk bali yaitu bulat, memiliki mata tunas, serta permukaan kulit batang sedikit kasar dan berduri. Tinggi batang tanaman jeruk bali sekitar 4,5 meter serta warnanya beragam tergantung jenis tanaman jeruk tersebut.

Tanaman ini memiliki panjang sekitar 5 – 15 cm, berbentuk oval dan ada juga bentuknya menyerupai buah pir, pada ujung daun sedikit meruncing dan untuk pertulangan daunnya menyirip. 

Aroma khas daun jeruk ini akan mengeluarkan aroma apabila ditumbuk, disebabkan kandungan minyak asiri. Standarnya warna daunnya hijau tua, mengkilap pada permukaan daun seperti dilapisi dengan lilin.

Untuk buah jeruk bali memiliki ciri; berukuran besar, kulit buahnya tebal, berbentuk bulat menyerupai bola. Untuk daging buahnya berwarna pink atau merah jambu, tekstur yang lunak mudah untuk dikunya, dan mempunyai rasa yang manis jika buah jeruk bali sudah masak, tapi ada juga jeruk bali rasanaya asam. Buah jeruk bali terdiri dari beberapa buliran.