R-Tips

フローサイトメトリーデータの読み込み

・パッケージ： flowCore

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("flowCore")

library(flowCore)

・読み込む

DATA <- read.FCS("data path")

・取り出す

DATA@exprs

・とりあえず見る

hist(log(DATA@exprs[,1],10),breaks=500)

混合正規分布

・パッケージ： mclust

・最適なグループ分け数の推定

plot(mclustBIC(Length2))

#情報量基準BICが最大値となるグループ数が良い。E:各グループで分散が共通、V：分散は異なる

・パラメータ推定

Mc <- densityMclust(DATA,modelNames="V")

#グループ数はG=3のように指定できる。デフォルトはG=1:9で、BICが最大となる値が自動で選ばれる

・推定パラメータの表示

summary(Mc, parameters=T)