Ubuntsu512
お金があるうちに、メモリ512Gのサーバーを組むことにした。最安構成を狙ったが、100万ちかくにはなった。といってもPCケースや電源はもう少し安くできるはず。
組み立てて、直ぐに異動のため発送した。PCケースの箱を利用したが、90度回転させていれる形式であった。
23.03.29
リモートデスクトップまわりを設定したら、ログインループが発生。大抵の場合、NVIDIAドライバー周りとのことで、dpkg -l | grep nvidia で確認したらそもそもインストールされていない?ubuntu-drivers devices でrecommendを確認し、sudo apt install nvidia-driver-525 でインストール
24.02.24
忙しさにかまけて、1年近く放置していたらしい。
とりあえず、sudo apt update, apt upgrade して、reboot now
brewも入っていなかった。
sudo apt-get install build-essential procps curl file git
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
|_指示されて2コマンドで、.bashrc を編集。brew install gccも実行
brewにあったので、micromambaを入れてみる。
brew install micromamba
micromamba create -n ONT
micromamba activate ONT
micromamba install -y -c conda-forge -c bioconda Nanofilt
micromamba install -y -c conda-forge -c bioconda NanoPlot
とりあえず、正常にインストールされたらしい
micromamba install -c bioconda -c conda-forge necat
#conda-forgeなしだとperlが入らないと怒られた
2024.02.28
Dockerをいれる
curl -fsSL https://get.docker.com -o get-docker.sh
sudo sh get-docker.sh
2024.04.10
Dockerでrnammerを動かす。
docker pull yookuda/rnammer-1.2:1.0
docker run --rm --name test -v (WorkingDirectory):/data -it yookuda/rnammer-1.2:1.0
これでWorkingDirectoryがdocker環境内の/dataとして利用できる