Publication

Google scholar

ORCID

Preprint

1. Haruki Nishio, Dora L. Cano-Ramirez, Tomoaki Muranaka, Luíza Lane de Barros Dantas, Mie N. Honjo, Jiro Sugisaka, Hiroshi Kudoh, Antony N. Dodd, Circadian and environmental signal integration in a natural population of Arabidopsis bioRxiv; doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.10.507414

Peer-reviewed papers

1. Emiri Watanabe, Tomoaki Muranaka, Shunji Nakamura, Minako Isoda, Yu Horikawa, Tsuyoshi Aiso, Shogo Ito, Tokitaka Oyama (2023), A non-cell-autonomous circadian rhythm of bioluminescence reporter activities in individual duckweed cells, Plant Physiology 193: 677-688 https://doi.org/10.1093/plphys/kiad218 

2. Naoko Emura, Tomoaki Muranaka, Takaya Iwasaki, Mie N. Honjo, Atsushi J. Nagano, Yuji Isagi, Hiroshi Kudoh (2022), Effects of fruit dimorphism on genetic structure and gene flow in the coastal shrub Scaevola taccada,  Annals of Botany 130:1029-1040  Journal Pubmed

3. Ken-ichiro Taoka, Ikumi Kawahara, Shoko Shinya, Ken-ichi Harada, Eiki Yamashita, Zenpei Shimatani, Kyoko Furuita, Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama, Rie Terada, Atsushi Nakagawa, Toshimichi Fujiwara, Hiroyuki Tsuji, Chojiro Kojima (2022), Multifunctional chemical inhibitors of the florigen activation complex discovered by structure-based high-throughput screening. Plant Journal 112:1337-1349. Journal Pubmed

4. Tomoaki Muranaka, Shogo Ito, Hiroshi Kudoh, Tokitaka Oyama (2022), Circadian-period variation underlies the local adaptation of photoperiodism in the short-day plant Lemna aequinoctialis, iScience 25(7), 104634 Jouranl, Pubmed, bioRxiv 

5. Akiko Yoshida, Ken-ichiro Taoka, Aoi Hosaka, Keisuke Tanaka, Hisato Kobayashi, Tomoaki Muranaka, Kiminori Toyooka, Tokitaka Oyama, Hiroyuki Tsuji (2021), Characterization of Frond and Flower Development and Identification of FT and FD Genes From Duckweed Lemna Aequinoctialis Nd, Frontiers in Plant Science 12: 2088. Journal Pubmed

6. Emiri Watanabe, Minako Isoda, Tomoaki Muranaka, Shogo Ito, Tokitaka Oyama (2021), Detection of Uncoupled Circadian Rhythms in Individual Cells of Lemna minor using a Dual-Color Bioluminescence Monitoring System  Plant and Cell Physiology, 62:815-826 Journal  Pubmed

7. Naouki Nomura, Koichiro Matsuno, Tomoaki Muranaka, Jun Tomita (2020), Toward a Practical Theory of Timing: Upbeat and E-Series Time for Organisms, Biosemiotics 13 (3), 347-367 Journal

8. Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama (2020), Application of Single-Cell Bioluminescent Imaging to Monitor Circadian Rhythms of Individual Plant Cells, Methods in Molecular Biology, 2081:231-242 Journal Pubmed 

9. Paige Panter, Tomoaki Muranaka, David Cuitun-Coronado, Calum Graham, Aline Yochikawa, Hiroshi Kudoh, Antony Dodd (2019), Circadian regulation of the plant transcriptome under natural conditions, Frontiers in Genetics, 10: 1239. Journal

10. Naouki Nomura, Koichiro Matsuno, Tomoaki Muranaka, Jun Tomita (2019), How Does Time Flow in Living Systems? Retrocausal Scaffolding and E-series Time, Biosemiotics, 12(2):267-287 Journal 

11. Naoki Nomura, Tomoaki Muranaka, Jun Tomita, Koichiro Matsuno (2018), Time from Semiosis: E-series Time for Living Systems, Biosemiotics, 11(1):65-83. Journal Pubmed 

12. Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama (2018), Monitoring circadian rhythms of individual cells in plants, Journal of Plant Research, 131 (1), 15-21 Journal Pubmed 日本語要旨 cover

13. Masaaki Okada, Tomoaki Muranaka, Shogo Ito, Tokitaka Oyama (2017), Synchrony of plant cellular circadian clocks with heterogeneous properties under light/dark cycles, Scientific Reports, 22;7(1):317 Journal Pubmed 

14. Anna-Malin Linde, D. Magnus Eklund, Akane Kubota, Eric R. A. Pederson, Karl Holm, Niclas Gyllenstrand, Ryuichi Nishihama, Nils Cronberg, Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama, Takayuki Kohchi, Ulf Lagercrantz (2017), Early evolution of the land plant circadian clock, New Phytologist, 216(2):576-590 Journal Pubmed 

15. Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama (2016), Heterogeneity of cellular circadian clocks in intact plants and its correction under light-dark cycles, Science Advances, 2(7): e1600500 Journal  Pubmed  京都大学プレスリリース  掲載：京都新聞

16. Tomoaki Muranaka, Masaaki Okada, Jun Yomo, Saya Kubota, Tokitaka Oyama (2015), Characterization of circadian rhythms of various duckweeds, Plant Biology, 17 (s1) 66-74 Journal  Pubmed

17. Tomoaki Muranaka, Saya Kubota, Tokitaka Oyama (2013), A single-cell bioluminescence imaging system for monitoring cellular gene expression in a plant body, Plant Cell Physiology, 54 (12): 2085-2093 Journal  Pubmed Editor-in-Chief ’s choice, Cover

査読論文（邦文）

1. 榮村奈緒子・繁昌慶・村中智明  大隅諸島竹島における鳥類の生息状況と外来種イエネコによる捕食状況 .  Strix 37 9 - 23   2021年5月

書籍

1. 村中智明 (2023), ウキクサを光らせて概日時計を視る, 植物の超階層生物学 241-263  文一総合出版

2. 村中智明 (2023), ゲノム解析の前提となる分子生物学の基礎知識, 植物の超階層生物学 319-326  文一総合出版

3. 東谷篤志, 畠山隆平, 寺西美佳, 村中智明, 濱野郁哉, 下野裕之, 工藤洋 (2020), イネ冷害におけるエピゲノム変化, アグリバイオ 4(7):576-580

4. 村中智明, 小山時隆  (2019), 植物個体内の単一細胞発光モニタリング,  発光イメージング実験ガイド 145-158 羊土社 書籍紹介

5. 伊藤（三輪）久美子 (2016),  村中智明, 近藤孝男, シアノバクテリアの概日時計タンパク質KaiCによる計時機構, 生体の科学 67(6): 507-511 2016

著作物

1. 村中智明, アオウキクサの花成から考える光周性の局所適応と概日時計周期の関係,  植物科学最前線 14:132 (2023) pdf BSJ-review

2. 村中智明, スペボタ：2050年生まれのプラントハンター, 特集「30年後の植物科学」植物科学の最前線（BSJ-Review）10周年記念  pdf (植物学会特集ページ)

3. 村中智明, 時計・リズム・時間のあいだに漂って, 時間生物学 Vol.25 No.2 2019 pdf (時間生物学会HP)

4. 村中智明, 振動する世界、同期する生命, 生態学研究センターニュース No.139 pdf (生態研HP)

5. 村中智明, 岡田全朗, 四方純,日本時間生物学会サマースクール2014 イン札幌 に参加して, 時間生物学 Vol.21 No.1 2015

6. 村中智明, 第17 回日本時間生物学会体験記, 時間生物学 Vol.17 No.1 2011

招待・シンポジウム講演

1. Tomoaki Muranaka, Shogo Ito, Hiroshi Kudoh, Tokitaka Oyama, Circadian-period variation underlies the local adaptation of photoperiodism, Taiwan-Japan Plant Biology 2023 Symposium (2023.10.14 Taipei)

2. 村中智明, 今井康平, 松尾拓哉, 巨大単細胞藻類カサノリのプロテオーム解析に向けたトランスクリプトームデータの整備, シンポジウム「時間タンパク質学」（2023.7.5 名古屋）

3. 村中智明 , ウキクサ植物：花成制御多様化の古くて新しいモデル, 日本生態学会第70回全国大会, シンポジウム「あなたの知らないサトイモ科植物の世界」オーガナイザー兼任（2023. 3. 19. 仙台 オンライン）

4. 村中智明, 伊藤照悟, 工藤洋, 小山時隆, 短日性アオウキクサの花成限界日長が日本で多様化する理由とその分子機構, 日本植物学会第８６回大会 シンポジウム「植物の多彩な生殖戦略を支える制御機構〜もう一度花成を考えてみる〜」オーガナイザー兼任 （2022. 9. 15、 京都 ハイブリッド）

5. 村中智明, リズムと同期の種生物学, 第14回片岡奨励賞受賞講演, 第52回種生物学シンポジウム（2020.12.05 オンライン）

6. 村中智明,  本庄三恵, 川越哲博, 永野惇, 工藤洋, 冷たい世界で時を刻むものは何か, 第27回日本時間生物学会学術大会（2020.09.27 オンライン）オーガナイザー兼任

7. 村中智明, 小山時隆, 植物の個体内一細胞発光モニタリングによる概日リズム測定, 第93回日本生化学会大会（2020.9.16 オンライン）

8. 村中智明, 光るウキクサで時計を見る：限界日長適応の基盤としての「概日」時計,  第51回種生物学シンポジウム（2019.12.08、宮崎）オーガナイザー兼任

9. Tomoaki Muranaka, M Honjo, T Kawagoe, AJ Nagano, H. Kudoh, Circadian clock in natura: seasonal changes of the daily variation of Arabidopsis halleri transcriptome, SMBE Satellite Symposium (2018.7、木原生物学研究所)

10. Tomoaki Muranaka, Kumiko Ito-Miwa, Takao Kondo, The ATPase-based circadian pacemaker in KaiC, Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017” (2017.3.12 名古屋大学)

11. Tomoaki Muranaka, Kumiko Ito-Miwa, Takao Kondo, The period determining ATPase activity of KaiC, IGER International Symposium on Biological Rhythms “Towards understanding the molecular clockwork”(2016.11.10、名古屋大学)

12. Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama, The plant circadian clock as a multi-oscillator system、日本数理生物学会（2016.9.7、九州大学）

13. 村中智明, 小山時隆, １細胞リズム測定から捉える植物の概日時計システム、時間生物学会(2015.11.21、東京大学)