Linuxセットアップ

Ubuntu 日本語Remix 20.04 LTE

2020.11.06

CentOSを使っていたが、ポカミス（libc.so.6関係）でシステムを壊してしまい、これを機にUbuntuに乗り換えることに。
なんとなく、日本語remixにする。表示が日本語で慣れない部分もあるが、固有名詞とシステムのメッセージが分かれるのはよいかも。
rootのパスワードを設定：sudo passwd root
ホームディレクトリを英語に変更：LANG=C xdg-user-dirs-gtk-update
SSHのインストール：sudo apt install openssh-server
ifconfigがない！：sudo apt install net-tools
リモートデスクトップ設定
　sudo apt install xrdp
　sudo systemctrl enable xrdp
　# gufwというファイアウォール編集ソフトを入れて、3389 TCPを開放
　# 接続できたが、画面が真っ黒。。。
　# アップデート（sudo apt update、sudo apt upgrade）して、reboot後には繋がった。
　# ランチャーが表示されないが、アクティビティをクリックで出てくる。デスクトップとは設定が異なるよう。

.bashrc 内の force_color_prompt=yes のコメントを外して有効化すると、SSH接続でもプロンプトに色がついて見やすい。

brewインストール
sudo apt-get install build-essential curl file git
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)"
echo 'eval $(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)' >> ~/.profile
eval $(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)
brew install gcc
brew cleanup
brew doctor # isl@0.18が利用できないとwarning

brew tap brewsci/bio #バイオインフォ系のパッケージリストを利用
brew install blast # 2.11.0
brew install hisat2 #2.2.1
brew install bedtools #2.29.2_1
brew install samtools #1.11
brew install bamtools #2.5.1
brew install bowtie2 #2.4.2
brew install seqkit #0.14.0
brew install TransDecoder #5.5.0
brew install hmmer #3.3.1

brewがpyenv以下を読み込むと、brew doctorでconfigに関するエラーがでるため、読み込まないようにする。
echo 'alias brew="env PATH=/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin:/home/linuxbrew/.linuxbrew/sbin:/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin:/home/linuxbrew/.linuxbrew/sbin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin brew"' >> ~/.profile

pyenv、anaconda環境
brew install pyenv # 1.2.21
==> Installing dependencies for pyenv: m4, libbsd, expat, berkeley-db, perl, autoconf and pkg-config
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.profile #後日（20.12.15）削除
pyenv install anaconda3-2020.07
pyenv global anaconda3-2020.07
conda init
conda config --set auto_activate_base False
bash
conda create -n binfo #bioinfo系のパッケージ用の仮想環境を作成
conda activate binfo
conda install -c bioconda subread
conda install -c bioconda rsem
conda install -c bioconda gffread
conda install -c bioconda -c conda-forge busco==4.1.3

Transdecorderの実行
conda install -c bioconda seqlogo #実行したらないといわれた
conda install -c bioconda bioconductor-seqlogo #まだ怒られたので追加。そもそもRを入れてないのが問題なのかもしれない。

2020.12.15

RNA-seqデータが返ってきたので、マッピングしようと、久しぶりに入るとUbuntsuのアップデートを求められる。再起動後、SSHログイン後に固まる。Ctr + C で脱出可能。調べると、eval "$(pyenv init -)" を実行すると固まる。調べてもよくわからない。pyenvが複数あり競合している？？
とりあえず、initを実行しないようにしてもcondaは動くし問題なさそうなのでそうする。pyenvは、brew環境でanacondaを利用するために使っているが、ありがたみがよくわからない。PATHの先頭にきて、仮想環境で使用するコマンドでもってメイン環境を上書きするので不便だと思っていた。これも、init実行を外すことで解消した。

brew install Trimmomatic # brewsci/bio/trimmomatic: stable 0.39 (bottled)
## FASTA file of adapter sequences are located here: /home/linuxbrew/.linuxbrew/opt/trimmomatic/share/trimmomatic/adapters

なんとjavaがない
sudo apt install default-jre

2020.12.16

stringtieも入れ忘れ。
brew install stringtie

2021.1.9

Trinityを入れる。メモリ32GのPCで動くのか・・・？
brew install -v Trinity
動くが、途中でエラーでとまる

2021.2.3

rRNAを同定するためにbarrnapをいれる（RNAmmerはbrew, condaに非対応だったので見送り
brew install barrnap
barrnap --kingdom euk --threads 4 input.fa > out.euk.gff
barrnap --kingdom mit --threads 4 input.fa > out.mit.gff
barrnap --kingdom bac --threads 4 input.fa > out.bac.gff

tRNAの同定はtRNAscan-SEで
conda activate binfo
conda install -c bioconda trnascan-se
tRNAscan-SE input.fasta -o LatRNAeuk

tRNAの同定はARAGORNも試す
brew install ARAGORN

2021.04.13

brewでfastqcをインストールしようとしたら、linuxbrew以下の権限がないとエラー
よくわからないので、アップデートも貯まっていたので再起動したら、initramfsで起動。fsck /dev/sda1は反応がなく、fsck /dev/sda2で反応。大量の変更に対してyesを答える。rebootが無視されたので、電源を落とす。再起動後にsshでは繋がるが、デスクトップが表示されない。いろいろ怪しいので、クリーンインストールする。Nanopore用に18.04 LTSをインストールする。

Ubuntu 18.04.05

2021.04.13

USBでubuntu-18.04.5-desktop-amd64.isoのブートを作り、ディスクをクリーンインストールした。
ほぼ上記の通り。pyenv anacondaのみ微妙に違う

brew install pyenv
pyenv install anaconda3-2020.11
~/.pyenv/versions/anaconda3-2020.11/bin/conda init

bashで設定読み込み。condaが使えるようになる
conda config --set auto_activate_base False

2021.04.19

brewでopenblasつきのRをインストール

brew install openblas --build-from-source
brew install R --with-openblas