Décadas más tarde, los conquistadores españoles abatieron al Imperio inca y, posteriormente, también intentaron someter a los araucanos, cuya población se estimaba cerca de un millón de personas.
Sin embargo, la resistencia de los mapuches llevó a un prolongado conflicto conocido como la Guerra de Arauco. Así, personajes como Lautaro (destacado líder militar mapuche, hecho prisionero de niño por los españoles, sirvió a Pedro de Valdivia como paje) y más tarde la sublevación de Pelantaro en la década de 1590, influyeron para fijar la frontera militar entre españoles y mapuches en el río Biobío. La batalla de Curalaba, en 1598, donde perdió la vida el gobernador Martín Óñez de Loyola, marcó la derrota de las fuerzas españolas en territorio mapuche.
Durante dicho período inicial, la segunda mitad del siglo XVI y la primera del XVII, la población indígena del actual Chile (estimada en cerca de un millón de personas) se vio muy reducida, principalmente por las pestes traídas por los europeos y para las que los nativos no tenían inmunidad, una de tifus (1554-1557) mató a trescientas mil vidas humanas y otra de viruela (1561-1563) a otras cien mil. Es muy probable que al momento de la batalla de Curalaba en Chile no hubiera más de 200 000 indígenas.
El poema épico Arauco Domado del escritor chileno Pedro de Oña, más la obra teatral homónima de Lope de Vega, narran desde el punto de vista hispano parte de la guerra contra el pueblo mapuche. Asimismo, la obra La Araucana (1569, 1578 y 1589) del conquistador español Alonso de Ercilla, dedicada al rey Felipe II de España, es una epopeya que destaca la resistencia realizada por el pueblo araucano. En ella, Ercilla habla de los mapuches como los araucanos, como la gente que produce el país de Chile.
Chile, fértil provincia y señalada
en la región Antártica famosa,
de remotas naciones respetada
por fuerte, principal y poderosa;
la gente que produce es tan granada,
tan soberbia, gallarda y belicosa,
que no ha sido por rey jamás regida
ni a extranjero dominio sometida.
La Araucana, Alonso de Ercilla (1569).
Claramente y mucho tiempo después de estas palabras, la Araucanía jamás sería conquistada por español alguno.
Bien se ha documentado por la historia que los grupos ubicados entre los ríos Biobío y el Toltén lograron resistir con éxito a los conquistadores españoles en la llamada Guerra de Arauco, una serie de batallas y sucesos que duró unos 300 años, con largos períodos de tregua.
... como no fueran de tres naciones, Pijaos, Taironas y Araucos, que son las tres naciones de la gente más valiente de las indias…
Viaje del Mundo, Pedro Ordóñez de Ceballos (c. 1555-1634)
En los siglos siguientes, los españoles fueron cautelosos en adentrarse en territorio mapuche. En un comienzo lo hicieron a través de misiones religiosas (pacíficas) lideradas por el padre Luis de Valdivia en la llamada Guerra defensiva, que no dio resultados, dando paso a los "parlamentos". En estos encuentros ambos bandos intercambiaban regalos y firmaban pactos que juraban respetar.
Fue así como, en el Parlamento de Quillín, en 1641, se acordó terminar con la guerra y fijar la frontera en el río Biobío; los mapuches prometieron liberar a los cautivos y a hacer frente a enemigos de la Corona. Posteriormente se celebraron otros parlamentos, con aprobación del Rey de España; en que se reiteraba el reconocimiento de la independencia de los mapuches frente a la Corona española, y las partes se comprometían a dejar de lado las acciones bélicas. Estos tratados fueron reconocidos por el gobierno republicano del Director supremo Ramón Freire en Tapihue, el 7 de enero de 1825 en el Parlamento General de Tapihue. En sus artículos 18 y 19 se reconoce la soberanía mapuche sobre los territorios comprendidos al sur del Biobío.
Tras esto se vivió un período de relativa paz (aunque seguía habiendo pequeñas "protestas" en distintos lugares de todo el país) que permitió a la población mapuche recuperarse y alcanzar los 150 000 a 200 000 para fines del siglo XVIII. Poco después empezaron a producirse migraciones masivas a la Pampa.
El antropólogo norteamericano Tom Dillehay, el mismo que descubrió en Monte Verde (Chile) el primer asentamiento humano de América, acaba de publicar un libro en el que explica por qué los mapuches eran, a la llegada de los españoles, una sociedad más desarrollada de lo que hasta ahora se pensó.
Pintura "El joven Lautaro" de Pedro Subercaseaux, muestra al genio militar y la pericia de su pueblo.
Grabado de la estatua de Caupolicán, hecha por el escultor Nicanor Plaza.