Para iniciar uma script no Linux basta criá-lo no diretorio /etc/init.d, dar a permissão 755 e executar este comando:
# update-rc.d nome-do-script defaults
Através deste comando é criado o link simbólico para a execução na inicialização do Linux. Para remover ele basta executar este abaixo:
# update-rc.d nome-do-script remove
Fonte: http://www.vivaolinux.com.br/dica/Inicializar-um-script-automatico-na-inicializacao-do-Linux