「移動」ツールを選んでオブジェクトをクリックするとそのオブジェクトを選択できます。右クリック（MacOS: Ctrl-クリック）で複数のオブジェクトの選択もできます。
「移動」ツールでグラフィックスビューの何もない所を右クリック（MacOS: Ctrl-クリック）して、そのままドラッグすると矩形が描かれ、その中のオブジェクトをまとめて選択できます。非表示のオブジェクトは矩形の中に存在していても選択されません。
「移動」ツールを選んで、数式ビューのオブジェクトをクリックしても選択できます。Ctrl-クリック（MacOS: Command-クリック）で複数のオブジェクトの選択もできます。
また、「移動」以外のツールで数式ビューをクリックすると、そのツールに必要なオブジェクトを選択したことになります。例えば、「直線」ツールを選んでいるときに、数式ビューの2つの点をクリックすると、その2点を通る直線が作図されます。
オブジェクトを選択すると、「移動」ツールを選んでドラッグすることで移動したり、それらを削除したり (オブジェクトの削除) できます。複数のオブジェクトを選択していれば、まとめて移動したり削除したりできます。
また、複数のオブジェクトを選択した状態で右クリック（MacOS: Ctrl-クリック）すると、それらのオブジェクトを選択した状態でプロパティダイアログが開きます。こうすると、表示／非表示 (オブジェクトの非表示)、ラベル (オブジェクトのラベル)、線の太さのようなスタイルなどのプロパティが複数のオブジェクトで一斉に設定できます。
また、一部のツールでは、複数のオブジェクトを一斉に操作することができます。例えば、「直線に関する鏡映」ツールでは、
複数のオブジェクトを選択
「直線に関する鏡映」ツールのアイコンをクリック
対称軸となる直線をクリック
の順に操作すると、複数のオブジェクトが一斉に鏡映されます。