L'abbaye de Saint-Genis-des-Fontaines et ses deux consoeurs roussillonnaises, Sainte Marie d'Arles et Saint Andre de Sureda sont les premiers monastères carolingiens de cette région, crées par des hispani venus des espaces d'outre-pyrénées: Castellan à Arles, Sentimir à Saint Genis, Miron à Saint André après l'échec de la première campagne carolingienne contre Al Andalous et l'essai de reconquête. Ces trois monastères, et d'autres après eux, joueront un rôle considérable dans le repeuplement, la réorganisation et la relance économique de la région.

            A Saint-Genis (comme pour les autres) alterneront pendant les premiers siècles de leur existence les périodes de construction et (ou) de reconstruction après des destructions violentes dues à des invasions. Les plus connues, malgré le peu de documents pour la région, sont les raids normands du milieu du IXème siècle. Un texte de la fin du du Xème siècle (précepte du roi Lothaire) stipule également une reconstruction. Fait-il allusion aux mêmes évènements ?

            D'autres travaux, importants, sont liés aux évolutions techniques dans l'architecture et la sculpture et donneront :

  Aux XIIème et XIIIème siècles le monastère est, semble-t-il, au faîte de sa puissance. Un nouveau CLOITRE est installé vers la fin du deuxième tiers du XIIIème siècle. à la place sans aucun doute d'un précédent non connu. De grands abbés dirigent l'ensemble : abbaye, communauté, d'importantes possessions territoriales en étant en outre Seigneur (politiquement parlant bien évidemment) du lieu.

            Le XIVème siècle verra le commencement du déclin. Le rattachement, début XVIème siècle, au monastère de Montserrat sera fait dans le but de soutenir Saint Genis. ( Un texte de 1088 mettait Saint Genis dans l'orbite de Cluny, mais le rattachement à la grande abbaye ne fait pas pour l'instant l'unanimité chez les spécialistes.)

            La Révolution verra le site changer de mains à la suite de la vente des « biens nationaux ». Il devient propriété privée et exploitation agricole. Au milieu du XIXème siècle l'ancienne église abbatiale ne pouvant plus être entretenue par ses propriétaires devient église paroissiale. Au premier quart du XXème une partie du cloître est rachetée, démantelée et transportée sous d'autres cieux par un marchand dit « de biens ! ». Le rachat, le retour, la remise en place et la restauration se feront dans les deux dernières décades du siècle. Ce sera une opération exceptionnelle qui permet de pouvoir contempler actuellement un cloître roman-tardif-dans sa position originelle.

            Une histoire longue de plus de 12 siècles d'un monument remarquable à plus d'un titre dont à ce jour cependant seuls l'église et le cloître sont dans le domaine public.