Does gan Sir Benfro ddim llynnoedd nac argaeau mawrion. Llynnoedd Bosherston ydy’r unig llynnoedd lled naturiol sydd gennym yn mesur mwy na phum erw. Maen nhw'n enwog am eu blodau lili’r dŵr sydd i’w gweld bob haf. Maen nhw hefyd yn enwog am eu dyfrgwn. Mae’r dŵr yn tarddu o ffynhonnau sy’n codi o gronfa danddaearol. Adeiladwyd Llynnoedd Bosherston gan deulu’r Cawdor rhwng 1780 a 1860 fel canolbwynt i’w cynllun i harddu eu tirwedd.

Mae cronfa Llys-y-frân yn cyflenwi dŵr ar gyfer y sir gyfan wrth gronni yr Afon Syfnwy. Adeiladwyd Llys y Frân rhwng 1968 ac 1972. Mae cronfa Rosebush yn llai ac fe'i hadeiladwyd yn yr 1880au. Mae’n darparu dŵr ar gyfer de Sir Benfro

Mae dwy afon Cleddau: Afon Cleddau Wen yn y gorllewin ac afon Cleddau Ddu yn y dwyrain. Ymunant a'i gilydd i ffurfio aber Daugleddau, sy'n rhoi ei enw i borthladd pwysig Aberdaugleddau. Ceir dwy ran i Afon Cleddau Wen. Tardda'r rhan ddwyreiniol yn Llygad Cleddau ym mhlwyf Llanfair Nant y Gôf, 4 km i'r de-ddwyrain o Abergwaun. Llifa tua'r de-orllewin heibio Scleddau. Tardda'r gangen orllewinol ym Mhenysgwarne ym mhlwyf Llanreithan, a llifa tua'r dwyrain i ymuno a'r gangen arall. Llifa'r Cleddau Wen trwy Gas-blaidd i Hwlffordd. Yno, pan fydd y llanw yn llawn, gwelir ei effaith ar uchder y dŵr.

Tardda Afon Cleddau Ddu ar lethrau’r Preselau ym Mlaencleddau ym mhlwyf Mynachlog-ddu, a llifa tua'r de-orllewin heibio Llawhaden. Gwelir effaith y llanw ger Pont Canaston. Ymuna â'r afon Cleddau Wen ym Mhwynt Picton. Mae aber y Cleddau yn ddwfn ac yn harbwr naturiol da ar gyfer masnach a llongau fferi i Iwerddon. Gall tanceri olew o 300,000 tunnell a mwy hefyd ei ddefnyddio. Oherwydd hyn, adeiladwyd nifer o burfeydd olew yma.

Yr afon nesaf o ran maint, yn Sir Benfro ydy yr Afon Gwaun. Mae’n mesur tua 10 milltir (15 km) ac yn tarddu ar lethrau gorllewinol y Preseli, heb fod ymhell o Dafarn-y-bwlch a Foel Eryr. Mae'n llifo i gyfeiriad y gorllewin, heibio i Cwm Gwaun, Pontfaen, a Llanychâr. Mae'n cyrraedd y môr yn Abergwaun gan lifo i Fae Abergwaun, sy'n rhan o Fae Ceredigion. Mae'r aber yn ffurfio porthladd pwysig gyda llongau fferi yn hwylio oddi yno i Rosslare yn Iwerddon.

Y nesaf o ran maint ydy Afon Nyfer sy’n llifo i'r môr yn Nhrefdraeth. Mae’r afonydd Cuch, Teifi a Taf i gyda yn croesi ffin ein sir ond hefyd yn perthyn i Geredigion neu Sir Gâr.

Mae ardaloedd eraill o Gymru yn fwy mynyddig ac felly yn meddu ar fwy o lynnoedd ac afonydd. Y llyn naturiol mwyaf ydy Llyn Tegid ger y Bala. Mae newid hinsawdd wedi arwain at sefyllfa o lifogydd difrifol o gwmpas sawl afon yn y blynyddoedd diweddar. Mae’r Afonydd Conwy a’r Tywi yn arbennig yn achosi trafferthion. Mae y drafodaeth am sut i wella’r sefyllfa, gan ddiogelu bywydau ac eiddo, yn un hir a chymhleth. Mae’n adlewyrchu trafodaethau tebyg ar sawl cyfandir, ond yn benodol mewn ardaloedd o Asia e.e. yr Afon Yangtze yn Tsieina, a’r Afon Goch yn Fietnam. Mae ein defnydd o dir yn berthnasol iawn i'r broblem hon ac mae llywodraethau yn deddfu er mwyn atal gor-ddraenio tir a thorri coedwigoedd.

Bu’r peiriannydd Syr Evan Jones o Abergwaun yn gyfrifol am waith ar Dwnnel Hafren, Cronfa Aswan yn yr Aifft a’r sarn 1km o hyd rhwng Singapore a Johor a agorwyd yn 1924.