O Centro de Pesquisa Experimental foi inaugurado em 2001 e, desde então, contribui significativamente para o crescimento da pesquisa e da produção científica do HCPA e da UFRGS. Possui uma área de 3 mil m² dedicada à pesquisa experimental, com laboratórios compartilhados voltados à pesquisa molecular, de análises proteicas, patologia e atividades de pesquisa pré-clínica. 

O CPE conta com duas unidades multiusuários: Unidade de Experimentação Animal (UEA) e a Unidade de Pesquisa Laboratorial (UPL), além de sediar um INCT, 15 laboratórios temáticos e o Biobanco institucional.

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