Destaca la interesante colección referente a las 19 zonas naturales protegidas del estado de San Luis Potosí, que representan espacios de gran importancia por su enorme diversidad de flora y fauna. 

El Ecomuseo describe las biografías oficiales de las 7 zonas naturales protegidas federales y las 12 estatales, donde se aplicó la metodología de los ecomuseos europeos, es decir, áreas naturales en convivencia con el hombre, asimismo, se describen la biodiversidad de las 4 zonas del estado. 

La zona Centro del estado está representada por las bellezas arquitectónicas de las presas que la conforman, como es el caso de la presa de San José; mientras que en la zona del Altiplano se contempla el recorrido realizado por los Wixárikas rumbo a Real de Catorce. 

A su vez, en la zona Media el atractivo es la belleza natural de la Media Luna, además de los productos agrícolas y artesanales típicos de la región. Finalmente, la sala designada para la zona Huasteca, cuenta con los atractivos naturales del Sótano de las Golondrinas, una representación a escala de la séptima maravilla de México y que gracias a la tecnología, logra trasladar el vuelo de los vencejos a la capital potosina.