進化生物学I（2年生前期）
生物進化のしくみを、主に理論的な面から初学者向けに話しています。遺伝学の基礎と集団遺伝学は大切な基礎になります。進化のしくみは自然選択だけでなく、ラッキーなものが生き残る（遺伝的浮動）ことも大事なメカニズムであることを解説します。また、系統樹の読み方について、鳥と恐竜は近縁であることを例にして解説します。
進化生物学II（２年生後期）
生物の進化と系統について、真核生物の起源、動物の系統、植物の系統について解説します。また、地球の歴史について、天体としての地球と生物活動の相互作用についても解説します。この分野は進歩が早く、高校の教科書が常に正しいとは限りません。最新の知識を解説します。
植物科学（３年生前期）
前半は、植物の構造がいかに合理的にできているか、時には動物と対比しながら解説します。後半は、植物の環境適応と，植物微生物相互作用について解説します。生きた植物サンプルやYoutube動画など、なるべく実際のものを体験することを心がけています。100分授業になり、屋外で植物の写真を撮ることも行っています。
植物細胞工学特論（大学院）
前半は、植物細胞の構造、光合成の光反応のしくみ、除草剤の作用について、化学を専門とする学生でも理解できる話し方で解説します。後半は、村田の専門である画像解析について、解析ソフトimageJを用いた実践的な内容について演習します。
AIとデータサイエンス（情報系オムニバス講義）
生物画像解析についてと、進化のしくみの中から、自然選択と遺伝的浮動による遺伝子頻度の変化など、情報系の受講生が聞いて参考になる話題を選んで話しています。
基礎ユニットプログラム（１年生後期）
植物組織の観察を担当し、エンドウの芽生えを用いて、葉の細胞の観察を行い、生物は細胞でできていることを学びます。
微生物学実験
ミカヅキモの観察などを担当しています。身の回りには目に見えない生物がたくさんいることを学びます。
生命科学実験I（2年生後期）
体細胞分裂の観察を担当し、タマネギ根端を染色して、細胞分裂の基礎的な過程を学びます。
生命科学実験II（3年生前期）
分子生物学実験を担当し、PCRによる遺伝子組換え植物の検出を行います。
生命科学ユニットプログラム（3年生後期）
試薬調製と原形質分離の観察を担当し、自分の手で作った試薬を使って限界原形質分離の濃度を求めます。