Віктор Зарубін народився 13 листопада 1866 року в Харкові в сім'ї професора. У 1893 році закінчив фізико-математичний факультет Харківського університету. 

У 1893 році відправився в Париж для навчання живопису. У Парижі протягом трьох років він займався в Академії Жюліана під керівництвом професорів Жуля Лефевра і Робера-Флері.

Восени 1896 року Віктор Іванович переїхав до Петербурга і був прийнятий у число учнів Академії мистецтв, де навчався у А. І. Куїнджі. На конкурсі 1898 року удостоєний звання художника першого ступеня. 

У 1909 році був удостоєний звання академіка.

Творчий доробок Віктора Зарубіна знаходиться в колекціях музеїв Києва, Одеси, Миколаєва, а також Пскова, Пензи, Пермі, Смоленська, Ярославля, Риги та Ташкента.