De 1992 a 1994, o Professor Geral Walter de Aguilar realizou uma mandato "pro tempore". Em 1994, ele foi eleito para o mandato seguinte, permanecendo até o ano de 1998. Ele realizou grandes avanços quanto as dependências da Faculdade, aumentando o seu patrimônio. Ele construiu sobre o antigo biotério uma biblioteca-modelo, dotada de quatro de estudo em grupo e salas audiovisuais. Além disso, houve a edificação do Centro Cultural JK, espaço aberto a participação de toda comunidade diamantinense, e a contrução da Praça de Esportes, que contava com Sauna e musculação. Outro setor que na sua gestão evoluiu durante sua gestão foi o administrativo, uma vez que houve início da informatização.
No que tange ao ensino, houve também ótima atuação, tendo em 1994 o primeiro curso de pós-graduação, strictu sensu, mestrado, área de concentração em Estomatologia, curso pioneiro na área no Brasil, sendo que foi instalado pela Professora Mireile São Geraldo, auxiliada pela Professora Esmeralda Maria da Silveira. Outrossim, em 1996 a faculdade sediou o evento científico, III Jornada Mineira de Estomatologia, e também lançou a Revista Brasileira de Ciências Estomatológicas. Continuando os avanços na área de ensino, ocorreu também o que seria um dos primeiros passos concretos para a futura transformação em uma Universidade, a instalação do curso de Enfermagem, sob a liderança de João Antônio Meira.
DE CARVALHO, Walter José. Faculdade Federal de Odontologia de Diamantina - Sua História. 1. ed. Diamantina: Gráfica Urgente, 2000.
FERNANDES, Antônio Carlos; CONCEIÇÃO, Wander. Caminhos do desenvolvimento: síntese histórica da Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri 1953 - 2005. 1. ed. Diamantina: UFVJM, 2005.