Poco más de un año después de la creación de la Siderúrgica Huachipato (Nombre que proviene del Mapudungun y significa "Trampa para cazar Aves") en Talcahuano (abril de 1946), un grupo de trabajadores, entre chilenos y extranjeros, decidió fundar una rama de fútbol para crear un espacio recreativo que uniera al personal. El 7 de junio de 1947, se oficializó la creación del club, con su primer partido jugado en la cancha de la población Gaete.
En 1950, se unió a la Asociación de Fútbol de Talcahuano, y en su debut, bajo la dirección de Arturo Gutiérrez, ganó su primer campeonato. Este triunfo le permitió al club ingresar al Campeonato Regional de Concepción en 1951, donde participó en la división de ascenso. Al año siguiente, aunque terminó tercero, logró ascender, ya que el campeón, Naval B, era un equipo filial de Naval.
En su primera temporada en la Primera Categoría, Huachipato terminó en el sexto lugar. En 1956, con Sergio Cruzat como entrenador, el club logró su primer campeonato regional. Ocho años después, en 1964, bajo la dirección de Luis Vera, Huachipato se consagró campeón nuevamente, derrotando a Fernández Vial 3-0 en la penúltima fecha. Este título le permitió ascender al fútbol profesional, siendo aceptado en 1965 en la Segunda División de Chile por la Asociación Central de Fútbol.
Lo que empezó como una iniciativa entre trabajadores se transformó con los años en un club profesional de fútbol.