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蛍光タンパク質には性能があります。同じ色の蛍光を出すものでも、それぞれの蛍光タンパク質で明るさが違います。蛍光タンパク質を開発する人は、蛍光タンパク質の遺伝子に突然変異を起こさせ、より明るいものを選びます。人工的に進化を起こさせるわけです。そのため、有望な蛍光タンパク質はしばしばバージョンアップされます。

明るさの他にも様々な評価基準があります。たとえば、ずっと観察しても色褪せない（褪色しない）ことは重要な評価基準です。ほかにも、細胞の中で合成された後で光り始めるまでの時間（maturation time）、細胞の中で互いにくっついて沈殿を起こしにくい、などの評価基準があります。公表されている蛍光タンパク質の性能をまとめたデータベース（FP base）にアクセスすると、これらの数値を見ることができます。