違った色の蛍光タンパク質を使って、違った細胞内小器官を光らせることにより、２つの細胞内小器官の関係を生きている細胞で追跡することができます。

写真の例では、微小管をつくるタンパク質のチューブリンに緑色の蛍光タンパク質をつないで光らせ、染色体をつくるタンパク質のヒストンに赤色の蛍光タンパク質をつないで光らせています。※赤色はマゼンタに置き換えてあります

これにより、細胞分裂の時に核と微小管がどのように変化するかを追跡することができるようになりました。