接合藻類の形は多様です。ミカヅキモは細長いですが、丸くなったツヅミモ、突起をたくさん持ったアワセオオギなど、それぞれ違っています。また、アオミドロやヒザオリのように多細胞化したものもあります。

アワセオオギの突出パターンは種によって違っています。多様な形の原因を探るため、細胞の形とDNA量の変化などが調べられていますが、わかっていないことが多いです。

接合藻類が陸上植物にいちばん近縁な生物であることがわかったため、新たな謎が生じました。これまでは、シャジクモやコレオケーテが陸上植物に最も近縁で、接合藻類は遠縁だと思われていたので、共通祖先から接合藻類が分かれたあとで、細胞板による分裂が獲得されたと考えられていました。しかしながら、接合藻類が分かれる前に細胞板が獲得されていたため、接合藻類が陸上植物と分かれてから、接合藻類の系統で細胞板が失われたことになります（図）。接合藻類の進化の過程で細胞分裂の仕組みにどのような変化が起きたのか、解析が待たれます。