1. イメージング

顕微鏡操作は最も得意とする技術です。毎年、基礎生物学研究所主催の「生物画像解析トレーニングコース」で顕微鏡の基礎の講義を担当しています。Q＆A形式の本を分担執筆で出しました（実験医学別冊 達人に訊くバイオ画像取得と定量解析Q&A　羊土社2021年）。

2. 画像解析

ImageJを用いた基礎的な画像解析技術を使いこなしています。ヒメツリガネゴケの核DNA量を定量する方法を確立し、共同研究者の研究を推進しました（Ishikawa et al. 2011, Sakakibara et al. 2013）。

3. マイクロインジェクション

東京大学の東山哲也教授が開発した熱膨張式の顕微注入装置（ネッパジーン社より販売）を使ってタバコ培養細胞に注射できるのは村田のみです。中和抗体を細胞に注入する実験結果をNature Communicationsに発表しました（Murata et al. 2013）。

4. 分子生物学

基礎生物学研究所で大量のプラスミド構築を行ったため、早く確実にプラスミドを構築することについては、確かな技術を持っています。様々な蛍光タンパク質におけるリンカーの比較など、通常の論文には出てこない多くのトライ＆エラーの経験も積んでいます。

5. タバコ培養細胞

「植物の細胞を観る実験プロトコール」（秀潤社1997年 旧版）記載の方法をもとにして様々な改良を加えました。細胞膜ゴースト（ガラスに貼り付けた細胞膜標品）の調製、形質転換など様々な経験を積んでいます（実験プロトコール）。