La capilla, que hoy forma parte del museo  se utiliza en la actualidad como auditorio, es obra de Juan de Ancheta y fue realizada entre 1547 y 1550, de estilo gótico-renacentista. Fue financiada por Ramiro de Goñi, arcediano de mesa de la catedral. 

Está formada por nave única y crucero, con dos pequeñas capillas cuadradas. Por su carácter de capilla hospitalaria y por ser capilla Liglesias de  jesuitas). La bóveda es estrellada con terceletes que apean en ménsulas, cubren los tres tramos y el sotocoro; las claves centrales muestran el escudo del fundador. 

En esta iglesia se conservan sillas del coro de la catedral, obra renacentista de Esteban de Obray. Dos retablos platerescos dedicados a San Ramiro y Santo Domingo con las armas de Ramiro de Goñi, el fundador. También se halla en ella un hermoso retablo renacentista procedente de Burlada que fue pintado en 1530 por Juan del Bosque y finalmente un retablo barroco, rococó, del siglo XVIII, dorado, con talla de madera policromada, procedente del convento del Carmen Calzado.