FEBuilder es simple, limitado y muy propenso a errores o romper cualquier cosa, y "amplia" demasiado la ROM agregando demasiado espacio, y por último hay varias cosas muy complejas o necesitas demasiados trucos para hacer ciertas cosas.

Buildfiles es muy complejo porque estas modificando los archivos de la ROM, pero es más libre puedes agregar cada cosa que se te ocurra y además es mucho más seguro, es menos probable que te de muchos errores y la mejor parte es que los juegos resultantes no son tan pesados; pero integrar todo o modificarlo necesitas entenderlo bien y saber qué demonios haces, y para acabarla de amolar no hay mucha documentación así que estarás a ciegas la mayoría del tiempo (pero bueno existe el Discord de FEU para preguntar), otra ventaja que tiene, es que puedes usarlo en cualquier SO