Hay una gran cantidad de herramientas que se pueden usar bueno déjame contarte un poco de cada una
Es un editor hexadecimal, que te puedo decir te permite ver el código de tu ROM.
Creo que sé lo que estarás pensando; y si, si te estoy recomendando Paint si es que no puedes acceder a otra herramienta para trabajar imágenes y esas cosas, pero no deja de haber mejores opciones.
Una buena herramienta para trabajar imágenes que nos servirá bastante para los gráficos ya que permite trabajar por capas, tiene selección de paletas y muchas otras herramientas
Otra herramienta para gráficos es demasiado similar a Photoshop pero centrándose en hacer sprites usando pixeles por lo que te da herramientas más básicas que te permiten entender que es lo que estás haciendo; en mi opinión te recomiendo más Aseprite que Photoshop ya que tiene mejores atajos y las cosas como las paletas están accesibles en la parte izquierda.
Y esta es otra herramienta de trabajo de gráficos esta tiene la peculiaridad de que maneja las paletas tal cual lo haría tu ROM.
Este permite hacer mapas de manera sencilla, utilizando imágenes de algo que llamamos tile sets (en algún momento veremos esto) y es muy simple además de rápido. Yo prefiero este por encima del Editor de Mapas de FEBubilder
Sencillito te permite hacer rápidamente rostros de personajes cambiando algunos colores en partes existentes de otros personajes. Pero se ven feos, yo considero que sirve principalmente para hacer un boceto y para perfeccionarlo tal vez con Aseprite.