アライメントのホモロジーが担保できない配列は削除する必要があるため、Gblocks やtrimAl で削除が推奨される場合がある (削除しすぎるとじり貧になるため慎重に考える必要がある)。
1. Phylemom2 webserverにアクセス (→ http://phylemon2.bioinfo.cipf.es/)
※登録せずに使った場合はセッション終了後に自動的にファイルは削除される
2. Utilities → Alignment Utilities → TrimAl (v. 1.3) を選択する
3. trimAl の設定画面が表示されるので、まずアライメントをアップロードし、[Select method] を選択する。通常はGappyout を選択する。
4．trimAl の解析のプロセスが左側カラムに表示されるのでcomplete (緑文字) が表示されたら左カラム中の [Job name] を選択する。trimAl の結果が表示されるので[▶ view ] を選択する。
Fasta 形式でアライメントデータが表示されるので全てを選択してMEGA へ貼り付け、トリミングファイルとして保存する。必要に応じて目視でギャップを削除したアライメントデータと比較して妥当な結果を採用する。
※ 解析ログにはコマンドも保存されるためCUI ベースでtrimAl を使う際の参考にすると良い