Phyogenetic analyses

系統推定における結果はいつも仮説

シーケンス編集

・MEGA7 の導入

　　※Windows -> GUI -> Older version からMEGA 7.0 (GUI for Windows) を選択してください。

　　※MacOS -> macOS -> GUI -> MEGA11 でダウンロードして下さい、ただし動作が不安定な場合はhomebrew 経由で導入してください。

・Seqkit の導入

解析準備

・Molecular phylogeny pack の導入

　Windows はこちらを参照しながらインストール

　　※https://www.java.com/ja/download/manual.jsp から「Windows オフライン (64ビット)」をダウンロードしてインストールして下さい。

　macOS (silicon) はこちらを参照しながらインストール

　　※1 Homebrew のインストールも必要です。JRE は手順の通りhomebrew 経由でインストールして下さい。

　　※2 Phylip のソースコードが現行のコンパイラに準拠していないためソースコードの書き換えが必要です、上記サイトを確認してください

解析ソフト

・RAxML-NG (modeltest-ng) の導入

　Windows の場合はこちらに従う

　macOS の場合はこちらに従う

　※MoPhyPack はRAxML v.8 のため別途RAxML-NG を導入する

・MrBayes MPI の導入

　Windows はこちらに従う

　macOS はこちらに従う

　※MoPhyPack はMrBayes 5D (v. 3.1.2 ベース) のため別途MrBayes (v. 3.2.7a) を導入する

なお、これらのメモ書きは無責任なメモのため、自己責任の下で参照するようにして下さい。

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