系統推定における結果はいつも仮説
シーケンス編集
・MEGA7 の導入
※Windows -> GUI -> Older version からMEGA 7.0 (GUI for Windows) を選択してください。
※MacOS -> macOS -> GUI -> MEGA11 でダウンロードして下さい、ただし動作が不安定な場合はhomebrew 経由で導入してください。
・Seqkit の導入
https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/
解析準備
・Molecular phylogeny pack の導入
Windows はこちらを参照しながらインストール
https://sites.google.com/view/enter-the-fungi/phylogenetic-analysis/kakusan4?authuser=0
※https://www.java.com/ja/download/manual.jsp から「Windows オフライン (64ビット)」をダウンロードしてインストールして下さい。
macOS (silicon) はこちらを参照しながらインストール
https://sites.google.com/view/enter-the-fungi/phylogenetic-analysis/Kakusan4-macOS?authuser=0
※1 Homebrew のインストールも必要です。JRE は手順の通りhomebrew 経由でインストールして下さい。
※2 Phylip のソースコードが現行のコンパイラに準拠していないためソースコードの書き換えが必要です、上記サイトを確認してください
解析ソフト
・RAxML-NG (modeltest-ng) の導入
Windows の場合はこちらに従う
macOS の場合はこちらに従う
※MoPhyPack はRAxML v.8 のため別途RAxML-NG を導入する
・MrBayes MPI の導入
Windows はこちらに従う
https://sites.google.com/view/enter-the-fungi/phylogenetic-analysis/mrbayes-mpi?authuser=0
macOS はこちらに従う
※MoPhyPack はMrBayes 5D (v. 3.1.2 ベース) のため別途MrBayes (v. 3.2.7a) を導入する
なお、これらのメモ書きは無責任なメモのため、自己責任の下で参照するようにして下さい。