macOS Sonoma でRevBayes を実行する
https://revbayes.github.io/download からDownload Apple Silicon Executable (10.11+) をダウンロードする。
/Users/[User name]/Documents/revbayes/bin に実行ファイルrb を置く。
https://posit.co/download/rstudio-desktop/
R およびRStudio Desktop をダウンロード、インストールする。
CRAN 以外(特に GitHub など)からR パッケージをインストール・管理するためのツール群を導入
install.packages("remotes")
R パッケージ開発のコアツール群を導入
install.packages("usethis")
remotes::install_github("revbayes/Revticulate")
Revticulate を読み込む
library(Revticulate)
RevBayes を RMarkdown(knitr)環境に統合して使う準備をする
knitRev()
RevBayes のexecuted file の場所を指定する
usethis::edit_r_environ()
RStudio の左上に空白のファイルが開かれるので (1) で指定したbin ファイルを下記のように指定する
rb=/Users/[User name]/Documents/revbayes/bin/rb
RStudio を再起動すれば導入終了
以下の2つのパッケージを起動する
library(Revticulate)
knitRev()
準備中