FigTree の使い方

FigTree について

FigTree では視覚的に系統樹を編集することができる。outgroup の再指定やクレードの回転、フリップにより樹形を見やすく整理することができる。

FigTree の操作はこの画面で完結すると考えて良い。

FigTree のメイン画面。主に使うのはメニューバーの下のアイコン群とサイドバーのいくつか

選択した枝を三角形にまとめることができる。Cartoon はタクサ名を残す。Collapse はタクサ名を隠すと考えて良い。

いずれの方法でも三角形の大きさは含むタクサ数を反映する。

Cartoon とCollapse の比較。上のクレードはCartoon を使用。下はCollapse を使用。三角形の大きさの違いはタクサ数を反映している。

Selection Mode は枝を回転させたい場合やroot を指定したい場合に使う。

Selection Mode とHilight やColor を組み合わせることで樹形に色を付けることができるが、私は色の編集は全てIllustrator CC 2017 で処理している。

[Node] はNode だけが選択状態になる

[Clade] はそのnode より先の枝も含めて選択状態になる

[Taxa] は選択したnode より先の枝のtaxa が選択状態になる

その他の動作についてはbootstrap の確認とbaysian PP の確認以外基本的に使用していない。

複雑な動作は全てIllustrator に任せることにしている。