Embedded Files
Windows 版の導入
Windows 版の導入
Download and Installation からWindows を選択
Ubuntu version/All-in-one version/Cygwin version からAll-in-one version を選択。
Download から最新版をダウンロードする
ダウンロードしたzip ファイルを解凍して、mafft-win フォルダをC ドライブ直下にコピーペーストする
(初心者向け) ウィザード形式でMAFFT する
(初心者向け) ウィザード形式でMAFFT する
mafft.bat をダブルクリックすると起動する
Input file?
Input file?
アライメントしたいファスタファイルのパスを聞いている。ファイルのパスをコピーして貼り付けるか、ドラックアンドドロップすれば良い。
※このときフォルダパスに日本語やスペースがあるとエラーが起きる。
Output file?
Output file?
アライメント後の保存名を聞いている。ファイル名だけを入力するとmafft.bat のあるフォルダにアライメント結果が出力される。
※自分はそれが面倒なので、Input file をドラックアンドドロップしなおして、ファイル名語尾に "_mafft.fasta" を付け足している。
Output format?
Output format?
アウトプットの方法を聞いてくる
1. Clustal format / Sorted; ClustalW 形式、ラベルを並び替える
2. Clustal format / Input order; ClustalW 形式、ラベルを並び替えない
3. Fasta format / Sorted; fasta 形式、ラベルを並び替える
4. Fasta format / Input order; fasta 形式、ラベルを並び替えない
5. Phylip format / Sorted; phylip 形式、ラベルを並び替える
6. Phylip format / Input order; phylip 形式、ラベルを並び替えない
※自分は並び替えられると作業の都合上面倒なので4 を選択している。
Strategy?
Strategy?
並び替えの方法
1. --auto; オート
"漸進" 的手法
2. FFT-NS-1 (fast); FFT-NS-1 モード (超早い、正確)
3. FFT-NS-2 (default); FFT-NS-2 モード (早い、結構正確)
"反復的改善" 的手法
4. G-INS-i (accurate); G-INS-i モード (めっちゃ遅い; 200タクサ以下でグローバルホモロジー の状態を推奨, デフォで16反復)
5. L-INS-i (accurate); L-INS-i モード (めっちゃ遅い; 200タクサ以下で1つの保存領域があって長いギャップを含む場合推奨, デフォで16反復)
6. E-INS-i (accurate); E-INS-i モード (めっちゃ遅い; 200タクサ以下で複数の保存領域があって長いギャップを含む場合推奨, デフォで16反復)
どれにすべきかはmafft の論文とアルゴリズムを比較して考える。
rDNA のSSU、ITS、LSU 領域は保存領域と考えられるので (5) がお勧め。
よく分からなければ3 のデフォルト。詳しくは本家の解説参照。
Additional arguments? (--ep # --op # --kappa # etc)
Additional arguments? (--ep # --op # --kappa # etc)
他のオプションを聞かれているので " --adjustdirection " (アライメントは一列目のfastaの方向に合わせて逆向きの配列は自動的にリバースしてくれるモード) 加えると良い。
ただし、その場合は逆向きの配列のラベルに "_R" が勝手に追記されるのでconcatenate するときは気をつける。
そのあと
そのあと
Enter キーを押すとmafft がスタートするのでしばらく待つ。解析が終わるとアライメントが表示されるのでキーボードの 「End」 キーを押し、「q」 キーを押す。
※End でアライメント最下層まで自動移動
※q でmafft を終了する
(中級者向け) コマンドでMAFFT する
(中級者向け) コマンドでMAFFT する
Powershell を起動する
cd [mafft-win フォルダにアクセス]
bash /usr/bin/mafft --localpair --maxiterate 1000 input.fasta > output.fasta
all-in-one のMAFFT では、/usr/bin/mafft はシェルスクリプトとして提供されており、Windows の cmd/PowerShell からはそのまま実行できない。そのため、同梱の bash.exe を介して mafft-win フォルダ内の /usr/bin/mafft を実行する必要がある。bash 経由で MAFFT をコマンドライン実行できるようになると、--localpair や --maxiterate 1000 のような引数を直接指定でき、引数なし起動時のウィザード（対話モード）に頼らず、反復回数の変更など細かな設定を自由に行える。
自分のやり方
自分のやり方
wls2 を開く
conda install bioconda::mafft
mafft --localpair --maxiterate 1000 /mnt/c/raxmlng/LSUver02.fas > /mnt/c/raxmlng/LSUmafft.fas
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