Popular Priemr set

Aspergillus, Penicillium Barcode

ITS (ITS5/ITS4), BT (BT2A/BT2B), CAL (CF/CF4)

Primer information also see Samson et al. (2014)

Recommendation: Extract DNA is useful for Template DNA, and use hyphae

PCR condition (for ITS, BT, CAL)

For TaKaRa Ex Taq

98℃ 10 sec |

55℃ 30 sec | 35-38 cycle

72℃ 1 min |

For TOYOBO KOD FX Neo

94℃ 2 min

98℃ 10 sec |

55℃ 30 sec | 35-38 cycle

68℃ 1 min |

Aspergillus/ Penicillium のPCR 条件です。詳しくはSamson et al. (2014) を参照してください。

PCR 条件は上記の通りです。テンプレートDNA には『菌糸から抽出されたピュアなDNAの使用を強く推奨します』。

Universal Barcode region

Primer Map Image (now preparing)

For Kindom of Fungi

ITS/ITS4 (or ITS1/ITS4); annealing temperature almost 61.5℃

Ref. White, T. J., et al. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR protocols: a guide to methods and applications. M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky and J. W. Thomas. San Diego, USA, Academic Press: 315–322.

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ITS1/ITS4 の組み合わせはあまり推奨しません。ITS5/ITS4 もしくはV9G/LR5 を推奨します。

よく利用される系統群について体系的にまとめられたサイトが見当たりませんので、

経験的に、文献的に使われている物をのせました。自己責任でお願いします。