MrBayes-MPI の導入

1．Software Package for Molecular Phylogenetic Analysis (→ https://www.fifthdimension.jp/products/molphypack/) にアクセス

2．installMolPhyPack_Debian.sh をダウンロード

3．WSL2 もしくはUbuntu のターミナルで以下を入力

installMolPhyPack_Debian.sh をhome にダウンロードしたことにする、ユーザーはEtF とした場合

MolPhyPack を導入する前にmpi-default-bin とmpi-default-dev を入れる

$sudo apt-get update

$sudo apt-get install mpi-default-bin

$sudo apt-get install mpi-default-dev

$cd /home/[User name]/

$chmod +x installMolPhyPack_Debian.sh

$./installMolPhyPack_Debian.sh

pkg-config はMolPhyPack に入っていないので自分で導入する

$sudo apt-get install pkg-config

$cd /home/[User name]/

$git clone "https://github.com/NBISweden/MrBayes.git"

$cd MrBayes

$./configure --with-mpi

$sudo make install

$mpirun -np 2 mb

MrBayes が起動する。画面に「Parallel version」と指定したコア数が書いてあればOK。

物理CPU 以上のコア数を指定するとmpirun にはねられるので指定しすぎる心配は不要。

MrBayes 画面で以下を入力 (作業フォルダをc ドライブのmrbayes_parallel とした場合)

execute /mnt/c/mrbayes_parallel/bayes.nex