田辺晶史 分子系統学演習 - データセットの作成から仮説検定まで を参照して下さい。
個人的メモ
1. ファイルパスに日本語を入れないこと
2. タンパク質コード領域はファイル名の最後に_Pを入れること。
3. 色々試してみると良い
4. PAUP を使う場合は事前にインストールが必要
以下にサンプルを示します．
何も考えないでサンプルの通りにすると不必要に時間がかかります．マシンスペックとやりたいことを念頭に置いて選んでください．ちなみに，RAxML はデフォルトに従えばかなり良い樹形が得られます．
You enabled partitioning of codon positions.
Do you want to consider nonpartitioning of codon positions? (y/n)
If you say yes, applying nonpartitioned models to all-codon position-concatenate d sequences will be considered on each locus.
(default: y)
y; タンパクコード領域において全コドン位置を区分せず共通なモデルの検討，する
You input multiple files.
Do you want to consider nonpartitioning of loci? (y/n)
If you say yes, applying nonpartitioned models to all-loci-concatenated sequence
s will be considered.
(default: n)
n; 全領域連結配列に領域を区分しないモデルを当てはめることを検討，しない，(たぶん時間の無駄だと思う)
You input multiple files or protein coding sequence.
Do you want to compare nonpartitioned, proportional and separate models on allloci concatenated sequences? (y/n)
Note that this function needs Treefinder.
(default: y)
y; 塩基頻度パラメータを持つモデルにおいて、各塩基頻度パラメータを最適化，する
Do you want to optimize the parameters of base composition? (y/n)
(default: n)
y; 塩基頻度パラメータを持つモデルにおいて、各塩基頻度パラメータを最適化，する（ちょっと時間かかる）
How many rate categories of discrete gamma rate heterogeneity do you want to con
sider? (integer)
(default: 8)
8
Do you want to consider invariant model for among-site rate variation? (y/n)
(default: n)
y; ASRV に + I モデルの当てはめを検討（Treefinder/PAUPのみ），する
mixed model したい！
How many processes do you want to run simultaneously? (integer)
(default: 1)
8; PC のスペックを確認してください
Do you want to optimize the parameters of base composition? (y/n)
(default: n)
配列の構成で最適なパラメータを充てるか；デフォルトはn
Because you enabled output option for RAxML, the number of rate categories of discrete gamma rate heterogeneity is set to 4.
Because you specify BASEML or RAxML as likelihood calculator, invariant model for among-site rate variation will not be considered.
Because you did not specify BASEML as likelihood calculator, because you disabled the output option for MrBayes, or because you enabled comparison among nonpartitioned, proportional and separate models, N-GAM and autocorrelated discrete gamma models for among-site rate variation will not be considered.
If you want to give tree(s) for parameter optimization, specify an input file name.
Otherwise, just press enter.
ここではenter を押す
How many processes do you want to run simultaneously? (integer)
(default: 1)
8; PC のスペックを確認してください
Which instruction do your processor support? (SSE2/SSE3/AVX/AVX2)
(default: SSE2)
8; PC のスペックを確認してください
You enabled partitioning of codon positions.
Do you want to consider nonpartitioning of codon positions? (y/n)
If you say yes, applying nonpartitioned models to all-codon position-concatenate
d sequences will be considered on each locus.
(default: y)
y; タンパクコード領域において全コドン位置を区分せず共通なモデルの検討，する
You input multiple files.
Do you want to consider nonpartitioning of loci? (y/n)
If you say yes, applying nonpartitioned models to all-loci-concatenated sequence
s will be considered.
(default: n)
n; 全領域連結配列に領域を区分しないモデルを当てはめることを検討，しない，(たぶん時間の無駄だと思う)
You input multiple files or protein coding sequence.
Do you want to compare nonpartitioned, proportional and separate models on allloci concatenated sequences? (y/n)
Note that this function needs Treefinder.
(default: y)
y; 塩基頻度パラメータを持つモデルにおいて、各塩基頻度パラメータを最適化，する
Do you want to optimize the parameters of base composition? (y/n)
(default: n)
y；塩基頻度パラメータを持つモデルにおいて、各塩基頻度パラメータを最適化，する（ちょっと時間かかる）
How many rate categories of discrete gamma rate heterogeneity do you want to con
sider? (integer)
(default: 8)
8
Do you want to consider invariant model for among-site rate variation? (y/n)
(default: n)
n; ASRV に + I モデルの当てはめを検討（Treefinder/PAUPのみ），できないのでn
How many processes do you want to run simultaneously? (integer)
(default: 1)
8; PC のスペックを確認してください
kakusan4 の PHYLIPのセクションでhttp://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.696.tar.gz …の部分を3.69x(現在配布されているバージョン)に書き換えが必要 (@e55471339b3245c からのアドバイス; ありがとうございます)
Linux の場合はワイルドカードに対応していると思うので適時***へ変更することで対応可と思います。