sequenceserver
sequenceserver のインストール手順
BioEdit が開発終了したっぽいので、クリップボードから配列を貼り付けてデータベースに照会したいニッチがいるか？いないか？自分はそれだ。
Local BLAST 便利だけどコマンドが面倒ならこのソフトがいい。
あとLinux 使えない人にもお勧め
ただし、データベース作成時にfasta のラベルが50文字以下にしなければならないため、管理者はBlast+ の使用を強く勧める。
詳細 https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2020/01/24/235637
1. 事前に必要なソフトの導入
1a. Windows System on Linux 2 (WSL2) をインストール
1b．BLAST+ のインストール (ソースからコンパイル)
Windows のエクスプローラーから\\wsl$\Ubuntu\home\ にアクセスしてhome 下のuser name を確認
cd /home/****user name****/tools; ****user name**** は上でディレクトリ名する
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ で最新版を確認してからwget する
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-src.tar.gz; BLAST+ をダウンロード
tar xzvf ncbi-blast-2.12.0+-src.tar.gz; 解凍
cd ncbi-blast-2.12.0+-src; make するためにフォルダを開く
cd c++
./configure
make
make にはスペックによるけど30分くらいかかる。コーヒーでも飲んで待つ。
終わったらパスを通す
export PATH="$PATH:/home/****user name****/tools/ncbi-blast-2.12.0+-src/bin"
パスってなんやって人はこちら（Linux入門 ~「パスを通す」とは~）
1b. BLAST+ のインストール (ソースからコンパイルなんかしてられっかあぁああぼけぇえああえあえあうぇｒｑえって人向け)
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz; BLAST+ をダウンロード
tar xzvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz; 解凍
cd ncbi-blast-2.12.0+
cd bin
./blastn -help; 起動テストをする、以下のコマンドが表示されたら問題ない
hashi@DESKTOP-ST9EEGL:~/tools/ncbi-blast-2.12.0+/bin$ ./blastn h
USAGE
blastn [-h] [-help] [-import_search_strategy filename]
[-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name]
[-dbsize num_letters] [-gilist filename] [-seqidlist filename]
[-negative_gilist filename] [-negative_seqidlist filename]
[-taxids taxids] [-negative_taxids taxids] [-taxidlist filename]
[-negative_taxidlist filename] [-entrez_query entrez_query]
[-db_soft_mask filtering_algorithm] [-db_hard_mask filtering_algorithm]
[-subject subject_input_file] [-subject_loc range] [-query input_file]
[-out output_file] [-evalue evalue] [-word_size int_value]
[-gapopen open_penalty] [-gapextend extend_penalty]
[-perc_identity float_value] [-qcov_hsp_perc float_value]
[-max_hsps int_value] [-xdrop_ungap float_value] [-xdrop_gap float_value]
[-xdrop_gap_final float_value] [-searchsp int_value]
[-sum_stats bool_value] [-penalty penalty] [-reward reward] [-no_greedy]
[-min_raw_gapped_score int_value] [-template_type type]
[-template_length int_value] [-dust DUST_options]
[-filtering_db filtering_database]
[-window_masker_taxid window_masker_taxid]
[-window_masker_db window_masker_db] [-soft_masking soft_masking]
[-ungapped] [-culling_limit int_value] [-best_hit_overhang float_value]
[-best_hit_score_edge float_value] [-subject_besthit]
[-window_size int_value] [-off_diagonal_range int_value]
[-use_index boolean] [-index_name string] [-lcase_masking]
[-query_loc range] [-strand strand] [-parse_deflines] [-outfmt format]
[-show_gis] [-num_descriptions int_value] [-num_alignments int_value]
[-line_length line_length] [-html] [-sorthits sort_hits]
[-sorthsps sort_hsps] [-max_target_seqs num_sequences]
[-num_threads int_value] [-mt_mode int_value] [-remote] [-version]
DESCRIPTION
Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.12.0+
Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments
========================================================================
終わったらパスを通す
export PATH="$PATH:/home/****user name****/tools/ncbi-blast-2.12.0+/bin"
cd /; rootに戻ってPATH が通っているか確認する
blasntn -help; PATH が間違ってないなら起動する
パスってなんやって人はこちら（Linux入門 ~「パスを通す」とは~）
2．sequenceserver の導入
2a. インスコ
sudo apt-get update
sudo apt install ruby
sudo apt install ruby-dev
sudo gem install ruby-mysql
sudo gem install sequenceserver
2b. インストールの確認
sequenceserver -h; 起動すると以下のコマンドが表示される
SUMMARY
custom, local, BLAST server
USAGE
sequenceserver [options]
EXAMPLE
..
3c. 使う
データベースとして使いたいfasta (ここではITS_database) を保存してるフォルダをコマンドで開いておく
eg.
cd /home/****user name****/database
sequenceserver; このあと色々聞かれるけどフォルダにfasta が1つならEnter キーを押すだけで良い
http://localhost:4567/ にアクセスする
慣れたらblast+ で検索できるようになるといいね (BLAST検索の方法)