Los gruesos muros del monasterio y su situación en el límite sur de la ciudad lo convirtieron en pieza importante de los planes de defensa. Durante el primer asedio, los violentos combates del aciago 4 de Agosto llevaron la lucha al interior del recinto. Sus venerables escalinatas y corredores, desde las criptas a los tejados, fueron defendidos con ardor por monjes y paisanos, que intentaron detener sin éxito, el empuje napoleónico; el monasterio, al fin, fue rebasado. La cercana puerta de Santa Engracia, hoy desaparecida, corrió la misma suerte.