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開催期間: 2025年6月30日（月）〜7月3日（木）
開催場所: 〒260-8675 千葉県千葉市中央区亥鼻1-8-1（千葉大学亥鼻キャンパス 災害治療学研究棟104）
参加費: 無料（希望者は旅費・宿泊費の支給可能 <遠方*から参加の方のみ>）
* 開催場所から100km以上離れた場所からの参加
宿泊費: 自費（宿泊費支給の有無に関わらず、宿は各自で手配してください）
千葉大学近辺のホテル（参考までに）
懇親会費: 自費
参加登録方法: Googleフォーム
参加資格: 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの（例: データ、アルゴリズム）がある人
パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人を想定
例1: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
例2: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
例3: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
例4: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
例5: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい
SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。
応募締切: 2025年6月15日 24:00
事故等における緊急連絡先:
〒260-8670 千葉県千葉市中央区亥鼻1-8-1（千葉大学亥鼻キャンパス 災害治療学研究棟104）
露崎弘毅e-mail: koki.tsuyuzaki@gmail.com
プログラム
1日目（6/30）
8:30 - 10:30 会場設営
10:30 - 14:00 発表打ち合わせ、ディスカッション
14:00 - 14:20 会場設営
14:20 - 14:30 Opening / 事務連絡
14:30 - 16:40 Bio"Pack"athon 2025#6（ハイブリッド開催、Zoom接続あり）
14:30 ~ 14:40 「Bio"Pack"athonの紹介」 久米慧嗣
14:40 ~ 14:45 参加者を含めて自己紹介タイム(30秒程度、全員)
14:45 - 15:15 Model Context Protocol（MCP）とは何か？そして、どうMCPを使うのか？
15:15 ~ 15:35 Snakemake入門 露崎弘毅
15:35 ~ 16:05 検出されない代謝物を考慮したエンリッチメント解析 山本博之
16:05 ~ 16:25 Bio"Pack"athon 2024 Award 表彰式
16:25 ~ 17:00 休憩
17:00 - 18:00 Lightning Talk（1人5-10分程度）
露崎弘毅「RパッケージguidedPLSの空間オミックスへの適用」
久米慧嗣「R x AIエンジニアリング」
山本博之「Rパッケージmseapcaのバージョンアップ」
西田孝三「mtbls2mztabm Conversion of ISA-Tab MetaboLights to mzTab-m」
坂本七海「マウス脳の切片画像におけるヒストロジーアノテーション手法」
長田悠生「Rパッケージ開発環境生成ジェネレータ「rake」の開発」
布施佑太郎「少数タイムポイントの時系列データ解析パッケージの開発」
18:00 集合写真撮影
19:00 - 21:00 : 有識者会議
2日目（7/1）
8:30 - 12:00 ハッカソン
12:00 - 13:00 Lunch Break
13:00 - 17:00 ハッカソン
17:00 - 18:00 ディスカッション
3日目（7/2）
8:30 - 12:00 ハッカソン
12:00 - 13:00 Lunch Break
13:00 - 17:00 ハッカソン
17:00 - 18:00 ディスカッション
4日目（7/3）
8:30 - 12:00 ハッカソン
12:00 - 13:00 Lunch Break
13:00 - 17:15 ラップアップ
17:15 - 会場撤去
オーガナイザー
露崎弘毅（千葉大学）
問い合わせ先
koki.tsuyuzaki@gmail.com
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