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新型コロナウイルス感染症に伴う開催方針について
新型コロナウイルス感染症に伴う開催方針について
Bio”Pack”athonは予定通り行う予定ですが、個人レベルで体調管理や、うがい、手洗い、マスク着用などは心がけてください。もし、心配で辞退したい方は、オーガナイザーまでご連絡ください。また、もし急遽理研の事務のほうで、「大多数が集まるイベントは控えるように」といったアナウンスがあった場合は、突然ハッカソンが中止になる可能性もありますのでご了承ください。
Bio”Pack”athonは予定通り行う予定ですが、個人レベルで体調管理や、うがい、手洗い、マスク着用などは心がけてください。もし、心配で辞退したい方は、オーガナイザーまでご連絡ください。また、もし急遽理研の事務のほうで、「大多数が集まるイベントは控えるように」といったアナウンスがあった場合は、突然ハッカソンが中止になる可能性もありますのでご了承ください。
開催期間: 2020年2月25日（火）〜28日（金）
開催場所: 理化学研究所 横浜キャンパス 西研究棟 1F セミナー室2（W120）
- 理研職員以外は、正門横にある守衛所で入構カードを受け取ってください
- 入構カードは毎日返却し、翌日また借りる必要がありますのでご了承ください
- 守衛所では、訪問者の所属と、理研内の訪問先（理研CSRSメタボローム情報T）を記入してください
参加費: 無料（希望者は旅費・宿泊費の支給可能 <遠方*から参加の方のみ>）
* 開催場所から50km以上離れた場所からの参加
宿泊費: 自費（宿泊費支給希望者以外、宿は各自で手配してください）
JR鶴見駅近辺のホテル（参考までに）
- JR東日本ホテルメッツ 横浜鶴見 5,363円～
- ベストウェスタン横浜 5,318円～
- ホテルリブマックス横浜鶴見 6,181円～
- アパホテル＜横浜鶴見＞ 6,363円～
懇親会費: 自費
参加登録方法: Googleフォーム
参加資格: 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの（例: データ、アルゴリズム）がある人
- パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人を想定
- 例1: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
- 例2: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
- 例3: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
- 例4: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
- 例5: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい
- SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。
応募締切: 2020年1月31日 24:00
事故等における緊急連絡先:
- 渡辺利代 045-503-9649 / riyo.watanabe [at] riken.jp
- 池永美和子 045-503-9488 / miwako.ikenaga [at] riken.jp
アクセス: 理化学研究所 横浜キャンパス
プログラム
- 1日目（2/25）
- 会場設営（オーガナイザーのみ）
- 10:00 - 10:05 Opening
- 10:05 - 10:10 事務連絡
- 10:10 - 10:30 チュートリアル(Tutorial)
- 露崎 弘毅、「CRAN/Bioconductorのレビューについて〜傾向と対策〜」
- 10:30 - 11:00 招待講演(Invited tutorial)
- 11:00 - 11:50 Lightning Talk (前半)
- 露崎 弘毅、「scTGIFの鬼QC機能の追加」
- 山本 謙太郎、「RパッケージscTensorの改良」
- 田口 善弘、「『テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択』パッケージの作成」
- 安水 良明、「RNAseq解析パイプラインikraの機能拡充およびpackaging」
- 久米 慧嗣、「画像データ・画像メタデータの利活用を目指したRパッケージの作成 〜電子顕微鏡画像データの定量解析に向けて〜」
- 11:50 - 13:00 Lunch Break（所内食堂 、400 - 600円程度、Suicaなど交通系ICのみで支払い）
- 13:00 - 13:50 Lightning Talk (後半)
- 福島 敦史、「植物メタボロームメタデータの利活用に向けたrRPMMパッケージの開発」
- 浜口 悠貴、「真核生物のアミノアシルtRNA合成酵素(ARS)のデータベース作成に向けて」
- 西田 孝三、「Cytoscapeの拡張機能のパッケージ作成〜JavaからR, Pythonへの移行〜 」
- 佐藤 建太、「Juliaでhtslibを使う」
- 石川 哲朗 、「ランドスケープ分析のパッケージ／パイプライン化に向けて」
- 13:55 - 14:00 集合写真撮影
- 14:00 - 17:00 ハッカソン
- 17:00 - 18:00 ディスカッション
- 18:30 - 22:00 : 有識者会議
- 2日目（2/26）[ウイルス対策(ラッシュ回避)として2日目以降の開始時刻を3時間遅らせました]
- 13:00 - 17:00 ハッカソン
- 17:00 - 18:00 ディスカッション
- 18:00 - 19:00 Dinner Break（所内食堂）
- 19:00 - 22:00 ハッカソン / ディスカッション
- 3日目（2/27）[ウイルス対策(ラッシュ回避)として2日目以降の開始時刻を3時間遅らせました]
- 13:00 - 17:00 ハッカソン
- 17:00 - 18:00 ディスカッション
- 18:00 - 19:00 Dinner Break（所内食堂）
- 19:00- 22:00 ハッカソン / ディスカッション
- 4日目（2/28）[ウイルス対策(ラッシュ回避)として2日目以降の開始時刻を3時間遅らせました]
- 13:00 - 17:00 ハッカソン
- 17:00 - 18:00 ラップアップ
- 会場撤去
オーガナイザー
- 露崎弘毅（理研）
- 福島敦史（理研）
- 西田孝三（理研）
- 佐藤建太（理研）
問い合わせ先
koki.tsuyuzaki@gmail.com
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