BioPackathon2020#5

• 開催日時: 2020年6月26日（金） 18:00 〜

開催場所: Zoom (URLは追って記します)

会の目的: About をご参照ください

こんな方をターゲットとして想定しています: 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの（例: データ、アルゴリズム）がある人

• (主にBioconductorの)パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人を想定
  • 例1: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
  • 例2: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
  • 例3: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
  • 例4: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
  • 例5: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい
• SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。

プログラム (第1部 [発表]) 18:00~18:30

• 18:00 ~ 18:40 尾崎遼、佐藤建太、西田孝三 「condaにおけるJuliaパッケージについての議論」

(本発表のYouTube録画はしていません。)

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プログラム (第2部 [もくもく会など]) 19:00 ~

• 19:00 ~ 各自のパッケージ計画の情報共有
• 19:10 ~ もくもく会 (主にBioconductorのパッケージ作成についての情報交換を行います。)
• 21:00 ~ もくもく会結果の共有

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開発予定と進捗まとめ

• 西田 transomics2cytoscapeが https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/1513 にてreview待ち、vignetteの改善を行っている。
• 尾崎、佐藤 https://github.com/bioinfo-tsukuba/ReadCoverage.jl の conda package化について議論した。 condaではjulia自体のアップデートが難航している上、packageの配布がcondaが想定するpackage提供形態 (Python, Ruby, Rust, C++,...) と大きく異なることがわかり、julia packageのcondaでの提供を断念した。