BioPackathon2020#4
- 開催日時: 2020年6月12日(金) 18:00 〜
開催場所: Zoom (URLは追って記します)
会の目的: About をご参照ください
こんな方をターゲットとして想定しています: 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの(例: データ、アルゴリズム)がある人
- (主にBioconductorの)パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人を想定
- 例1: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
- 例2: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
- 例3: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
- 例4: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
- 例5: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい
- SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。
プログラム (第1部 [発表]) 18:00~18:30
- 18:00 ~ 18:10 Satoshi Kume 「TensorFlow関連のRパッケージについて」
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プログラム (第2部 [もくもく会など]) 19:00 ~
- 19:00 ~ 各自のパッケージ計画の情報共有
- 19:10 ~ もくもく会 (主にBioconductorのパッケージ作成についての情報交換を行います。)
- 21:00 ~ もくもく会結果の共有
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- 西田 未熟な状態ではあるが https://github.com/ecell/transomics2cytoscape をとりいそぎ https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/1513 にsubmitした
- 福島 急遽欠席 https://github.com/afukushima/rRPMM の BiocCheck でまだ未解決の問題がある状態
- 露崎・山本 scTensor のドキュメントの改良
- 久米 visNetworkのネットワークレンダラをcytoscape.jsにしたpackageの作成を西田に提案