BioPackathon2020#4

• 開催日時: 2020年6月12日（金） 18:00 〜

開催場所: Zoom (URLは追って記します)

会の目的: About をご参照ください

こんな方をターゲットとして想定しています: 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの（例: データ、アルゴリズム）がある人

• (主にBioconductorの)パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人を想定
  • 例1: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
  • 例2: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
  • 例3: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
  • 例4: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
  • 例5: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい
• SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。

プログラム (第1部 [発表]) 18:00~18:30

• 18:00 ~ 18:10 Satoshi Kume 「TensorFlow関連のRパッケージについて」

-------------------------------------------------------------------------------------------------------

プログラム (第2部 [もくもく会など]) 19:00 ~

• 19:00 ~ 各自のパッケージ計画の情報共有
• 19:10 ~ もくもく会 (主にBioconductorのパッケージ作成についての情報交換を行います。)
• 21:00 ~ もくもく会結果の共有

-------------------------------------------------------------------------------------------------------

開発予定と進捗まとめ

• 西田 未熟な状態ではあるが https://github.com/ecell/transomics2cytoscape をとりいそぎ https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/1513 にsubmitした
• 福島 急遽欠席 https://github.com/afukushima/rRPMM の BiocCheck でまだ未解決の問題がある状態
• 露崎・山本 scTensor のドキュメントの改良
• 久米 visNetworkのネットワークレンダラをcytoscape.jsにしたpackageの作成を西田に提案