Además de los tres anteriores linajes, que son los más antiguos del apellido, hubo familias del mismo establecidas en Navarra durante el siglo XIV. Pedro Pascual de Ayerbe fue el primero conocido de este linaje, figurando como vecino de Estella en 1327. Estos Ayerbe pudieron descender de antepasados de la villa de Ayerbe o del propio linaje de las Cinco Villas por proximidad geográfica. En el siglo XVI se tienen noticias del linaje vasco del apellido a través de la familia Ayerbe Goyenechea, en la localidad de Idiazábal, cuyos descencientes se fueron estableciendo por el territorio de Guipúzcoa y que en la actualidad representan el gupo de personas más numeroso de España con este apellido y con su variante euskérica Aierbe.

En Valencia también se establecieron grupos familiares del apellido y así, en el censo de fogajes de 1510, se registran varios hogares con este apellido en la ciudad de Valencia y en Jérica. Pero hay registros más antiguos ya desde los primeros siglos tras la conquista del territorio valenciano por la Corona de Aragón, como el de Andreu de Ayerbe que era vecino de la parroquia de la Santa Creu de Valencia en 1344.

Durante los siglos XIII a XV, se documentan en Aragón otros Ayerbe para los que no se puede determinar una linea familiar concreta. Se registraron principalmente en las ciudades de Huesca y Zaragoza, y en las comarcas de Calatayud, Daroca y Alcañiz, siendo los más antiguos García y Miguel de Ayerbe que eran carniceros en Huesca en 1207 y 1246 respectivamente.

CENSO DE FOGAJES DE ARAGON DE 1495

La información sobre los apellidos en época medieval se puede obtener a través de los primeros censos y listas vecinales, salvas de infanzonía (expedientes de la baja nobleza, equivalente a la hidalguía en Castilla) y documentos notariales. Estos recursos documentales empiezan a ser más abundantes en Aragón a partir del siglo XIII, pero deben ser valorados con cautela ya que, por ejemplo, los censos medievales han tenido siempre una motivación fiscal (recaudación de impuestos) y no la del conocimiento demográfico en sí mismo, por lo que suelen ser incompletos y no del todo fiables. Solo recogen los nombres de los titulares de cada casa u hogar, y de ahí que se les denomine censos de fogajes (hogares).

En 1495 el Rey Fernando II el Católico convocó a las Cortes de Aragón en Tarazona para organizar la defensa del Reino frente a la amenaza de invasión por parte de los ejércitos franceses. Una de las disposiciones que se adoptaron en dicha asamblea fue la de proceder a recaudar un impuesto especial entre los súbditos para sufragar los gastos de defensa del Reino. Para la correcta asignación del impuesto se realizó previamente un minucioso censo de población que ha sido considerado uno de los más completos y fiables de la península ibérica en dicha época.