GIMP sigue siendo mi herramienta open source favorita para editar imágenes aunque algunas funciones son difíciles de encontrar o de recordar cuando se necesitan. En este caso, voy a dejar escritos los pasos para establecer que el fondo de una imagen sea transparente.

• 1. Abre la imagen en GIMP

  2. Menú Capa -> Transparencia -> Añadir canal Alfa.

  3. Seleccionar con la herramienta Recoge color (El cuentagotas) el color del fondo que queremos que sea transparente. Lo mejor es que sea un color único y uniforme.

  4. Menú Seleccionar -> Por color

  5. Hacemos click con el ratón en el color del fondo que queremos hacer transparente. Veremos que el color del fondo aparece seleccionado.

  6. Menú Editar -> Cortar. Al cortar el fondo seleccionado este quedará con cuadritos pequeños con distintos tonos de grises. Eso indica que el fondo es transparente.

  7. Finalmente en el Menú Archivo -> Exportar como guardamos la imagen como png o gif y estará lista para usar.

Fuente: http://www.tonisoto.com/2016/10/gimp-como-anadir-un-fondo-transparente-a-una-imagen/