Jonas demande à Deathstrike où elle pense que Striker retient sa fille. Malheureusement, elle l'ignore, mais elle sait où se situe sa base secrète des docks dans lequel il retient Peter et McCoy. Elle espère que sa fille y est également. Elle y conduit donc le jeune mutant, accompagnée de Gambit et de Malicia. Sur la route, la circulation devient soudainement plus dense car la police a organisé un barrage pour contrôler les identités des automobilistes. Sachant qu'ils sont tous recherchés par le FBI suite à l'enlèvement de la femme du maire, Gambit décide de s'engouffrer dans la première ruelle venue. Mais ils sont poursuivis par une moto de police qu'ils arrivent néanmoins à semer en la poussant dans une poubelle.
Quelques instants plus tard, ils cachent la voiture dans la zone des docks, près du hangar menant à la base secrète de Stryker. Deux personnes montent la garde à l'extérieur en fumant une cigarette. Les mutants décident d'escalader les murs par l'arrière. Jonas et Deathstrike arrivent en premier en haut, et regardant à l'intérieur: des caisses, des hommes armés, mais l'escalier permettant de descendre au sous-sol n'est pas visible de leur positon. Pendant ce temps, les vigiles ont entendu du bruit, et leur lampes-torches cherchent Malicia et Gambit pendant leur ascension. Ce dernier lance une carte au loin, et la fait renverser une poubelle pour créer une diversion suffisante pour leur laisser le temps d'entrer dans le hangar.
Une fois à l'intérieur, ils se séparent pour trouver rapidement l'entrée, puis Malicia se concentre pour lancer une impulsion électromagnétique afin de plonger le bâtiment dans le noir. Ils en profitent ensuite pour s'infiltrer dans les sous-sol. Ceux-ci contiennent différents laboratoires de recherche, ainsi que des cellules vers lesquelles Deathstrike conduit les mutants. Peter et McCoy sont enfermés dans l'une d'elles et semblent endormis, mais aucune trace de la jeune fille. Après un instant d'hésitation, Malicia parvient à désactiver le verrou électronique, mais cela ne réveille pas les prisonniers. Intrigué, Gambit vérifie et confirme la présence d'une caméra au dessus de l'entrée. Malicia utilise donc son pouvoir pour se glisser dans l'ombre située sous les lits des prisonniers, et tente de les réveiller discrètement. Soudainement, la porte de la cellule se referme, ainsi que dans le couloir, piégeant tous les mutants alors qu'un gaz commence à se répandre et qu'un rire machiavélique retentit: Stryker! Il leur explique que ce gaz va bientôt neutraliser leurs pouvoirs et que pendant qu'ils resteront enfermés ici, il va mener l'assaut de ses troupes sur le campus de l'Université afin d'éliminer un maximum de mutants. Deathstrike commence déjà a ressentir les effets du gaz, et s'écroule au sol, les mains ensanglantées par ses griffes rétractiles.
Gambit retient sa respiration suffisamment longtemps pour pouvoir faire exploser l'une des portes du couloir, et s'échapper, mais les murs s'écroulent derrière lui. Pendant ce temps, Jonas met un coup d'épaule dans la porte de la cellule pour l'enfoncer avec succès, mais la douleur lui indique que son pouvoir disparaît petit à petit. McCoy se réveille, et porte Peter, pendant que Jonas aide Deathstrike. Ensemble, ils arrivent à déblayer les débris pour rejoindre Gambit qui est aux prises avec le groupe paramilitaire de Stryker pendant que ses pouvoirs s'estompent eux aussi. Alors qu'ils semblaient cernés, Kitty et Colossus (envoyé par le Prof. X pour prêter main forte à Malicia) prennent les mercenaires à revers, et les neutralisent. Mais Colossus commence à se sentir mal: les balles qu'utilisent les mercenaires libèrent une substance neutralisant les pouvoirs des mutants! Kitty n'ayant pas été affectée, elle permet au groupe de sortir de ce guêpier sans encombre. Petit à petit, leurs pouvoirs commencent à revenir.
Ils se rendent ensuite rapidement à l'Université, alors que le jour vient de se lever et que les cours vont bientôt débuter. Sur place, c'est le chaos. Des étudiants courent dans tous les sens, pourchassés implacablement par des mercenaires munis d'armes anti-mutants. Le groupe se sépare pour tenter de retrouver Stryker. Malicia reconnait alors le van qui avait servi à enlever Peter et McCoy. Elle prévient Jonas et ils se lancent à l'assaut, ce dernier fonçant tout droit vers le véhicule pendant que Malicia lance des éclairs sur les mercenaires qui ouvrent le feu. Stryker tente de s'enfuir avec le van, mais Jonas le percute de toutes ses forces, et le force à rentrer dans un arbre. Il sort alors, titubant, mais tenant la fille de Deathstrike en otage.
Pendant ce temps, Gambit prévient la Confrérie que s'ils veulent défendre des mutants, c'est le moment. Le Crapaud fait son trouillard fainéant, mais les arguments de Gambit finissent par porter leurs fruits. Puis il se met à la recherche d'Emma. Il l'appelle tout d'abord, et elle lui dit qu'elle n'est pas à l'université, mais qu'elle a une mission importante à accomplir, puis la voix de Magnéto lui somme de raccrocher. Il appelle donc Magnéto qui ne répond pas. Il se met donc à la recherche du Professeur Xavier, espérant qu'il pourra la localiser. Mais il est pris à parti, puis cerné par des mercenaires. Kitty traverse alors le mur, et le conduit en lieu sûr. Il lui demande de l'emmener auprès du Professeur Xavier. Elle sait très bien qu'il s'est probablement réfugié dans le repaire des X-Men, mais elle refuse de l'y conduire, car elle ne lui fait pas confiance. (NDLR: Je ne me rappelle plus comment Gambit a appris où se rendaient Magnéto et Emma). Il se rend donc à l'aéroport, et trouve Emma et Magnéto dans le hall d'embarquement au moment où le Président des Etats-Unis et son escorte viennent d'arriver. Soudainement, les armes des gardes du corps sortent de leurs étuis, et les éliminent, laissant le Président sans protection. Magnéto neutralise ainsi toute la sécurité et emmène le Président jusqu'à Air Force One, et embarque, accompagné d'Emma.
Jonas défie Stryker en duel. Celui-ci fini par accepter, jetant la jeune fille à terre, et sortant un couteau enduit de la substance anti-mutant. Le combat est bref, mais intense, et Jonas tient finalement Stryker à sa merci. Il est sur le point de l'achever lorsqu'il entend une voix autoritaire derrière lui:"A ta place je ne ferai pas ça. Nous allons nous charger de son cas". Un homme borgne se dresse au dessus de Jonas, des hommes armés portant la mention FBI derrière lui. "Je m'appelle Nick Fury. Viens avec moi, je vais tout t'expliquer". Jonas et Malicia sont alors conduits dans un hélicoptère où Fury leur explique qu'il dirige le S.H.I.E.L.D, une organisation secrète chargée de protéger l'humanité de toute menace, qu'elle soit mutante, ou terroriste comme Stryker.
Alors qu'ils discutent, Fury reçoit un appel d'urgence. Il y aurait une attaque terroriste à l'aéroport menée par Magnéto! Lorsque l'hélicoptère arrive sur place, Air Force One est en train de décoller, et Gambit le suit avec un véhicule d'entretient. Ce dernier parvient à s'infiltrer dans l'appareil pendant que les portes se referment, et reste caché. Jonas demande à ce que l'appareil se place au dessus de l'avion, puis saute et traverse le toit. Malicia profite de l'ouverture pour se glisser à sa suite dans les ombre.
Ils se retrouvent face à Emma. Derrière elle, Magnéto et le Président sont assis face à face. Le mutant était en train d'inciter le Président à reconnaître la supériorité des mutants, et à déclarer la capitulation des Etats-Unis face l'Etat Mutant. Sans se retourner, Magnéto demande à Emma de s'occuper des intrus. Elle demande à Jonas de l'aider à neutraliser Malicia. Celui-ci hésite, mais réplique que Magnéto est dangereux. Le ton monte entre le frère et la sœur, jusqu'à ce qu'elle finisse par dire: "Si tu n'es pas avec moi, tu es contre moi, Jonas!" suivi d'une attaque mentale hésitante à laquelle Jonas résiste avant de la pousser pour atteindre Magnéto. Pendant ce temps, Malicia, qui s'est glissé dans l'ombre du Président, reçoit un message télépathique du Professeur Xavier. Il est dans un aéronef furtif à proximité de l'avion, mais il ne peut atteindre Magnéto, à cause du casque qu'il porte. Quant à Emma, elle est presque aussi puissante que lui mentalement. Malicia réapparaît donc pour tenter d'enlever le masque de Magnéto.
Gambit, caché depuis le début, se révèle et fonce également sur Magnéto. Celui-ci se défend en tentant de neutraliser les mutants avec les ceintures de sécurités pour les entraver. Mystic sort également du cockpit pour prêter main forte à son mentor, mais celui-ci est finalement submergé, et son casque enlevé, laissant l'opportunité à Charles Xavier de le neutraliser. Mystic tente alors de retourner dans le cockpit pour provoquer un crash de l'avion, mais elle en est empêchée par Jonas qui ralentit le temps et atteint ainsi le poste de pilotage avant elle.
Malicia discute avec le Président, qui les remercie pour leur aide, et lui promet qu'il va faire en sorte de les féliciter publiquement, probablement par une médaille.
Jonas demande à Nick Fury s'il peut faire partie du S.H.I.E.L.D, et celui-ci accepte avec joie. Il s'inquiète également pour Deathstrike, qui est heureuse d'avoir retrouvé sa fille. Il lui recommande de la confier au Professeur Xavier, car elle ne sera jamais en sécurité avec elle.
Enfin, Gambit discute avec Emma, et parvient à la convaincre de l'aider à terminer le rêve de Magnéto: créer un Etat Mutant afin de protéger les siens...