Mozilla基金会（缩写MF或MoFo）是为支持和领导开源的Mozilla项目而设立的一个非营利组织。该组织制定开发政策，经营关键业务，并管理商标等知识产权。它拥有一个称作Mozilla公司的应税子公司，雇佣了一些Mozilla开发人员并协调Mozilla Firefox网页浏览器以及Mozilla Thunderbird电子邮件客户端的发行。Mozilla基金会位于美国加州山景城。
Mozilla基金会自称“一个致力于在互联网领域提供多样化选择和创新的公益组织”。
Mozilla在开始时是网景导航者浏览器使用的内部名称。这个名字的来源是Mosaic和Godzilla（怪兽哥斯拉）两个词的结合，意为“Mosaic终结者”。受《大教堂和市集》触发，1998年2月23日，网景通讯公司在Netscape Public License的条款下公开了网景通讯家套件的大部分源代码（包括网景导航者浏览器）。这个项目沿用了Mozilla的名称，同时新成立了Mozilla组织及其专门网站来协调Mozilla的开发。
尽管社团主要由网景公司的员工组成，但是理论上，它是独立于网景公司运作的。因此，当网景公司主力正在开发基于Mariner引擎的网景通讯家5时，Mozilla社团却宣布该引擎不堪使用，并抛弃差不多全部代码转向Gecko引擎的开发，而同时却又声称他们开发的浏览器主要用于测试目的，不适合直接为最终用户使用。以至于当时一度出现了Beonex Communicator这样的将Mozilla商品化的专项。
贸然开源拖垮了正疲于应付第一次浏览器大战的网景，1998年11月24日，网景被美国在线以42亿美元收购。之后，Mozilla社团一直在后者的资助下进行研发活动。由于美国在线牢牢控制着网景品牌，Mozilla的产品采名为Mozilla套件。
2003年7年，美国在线决定终止对Mozilla社团的资助，这个决定让Mozilla重获新生。2003年7月15日，Mozilla基金会宣布成立，它的目的是保证Mozilla能继续生存下去。这个基金会是一个非盈利组织，主要由Mozilla社团的成员组成，拥有与Mozilla相关的一切知识产权。
美国在线向基金会转移了硬件和知识产权，并且在最初的3个月里雇用了一个3人小组来帮助这次过渡，联手IBM、Sun和红帽捐赠了启动资金，并且承诺在2年时间内捐助200万美元给基金会。 但是当美国在线宣布将与微软合作之后，它切断了与Mozilla基金会的所有联系。
在最初阶段后，Mozilla基金会开始涉足更广的领域，把以前推给网景和Mozilla合作伙伴的事情都拿来做了。在向“面向最终用户”的转型过程中，基金会和一些以前网景的合作伙伴签约来售卖包含Mozilla软件的光盘并且提供电话支持服务。这些活动使Mozilla基金会对自己的知识产权更加自信，他们推出了自己商标使用的新政策。如市场拓展等的新项目也开始了。
在2005年8月3日，Mozilla基金会全资建立了一个Mozilla公司来承担Firefox和Thunderbird的发行和市场活动，也处理一些间或带来收入的商业合作。2008年2月19日至2011年4月4日间还曾短暂分立出一个名为Mozilla Messaging的公司来专门运营Thunderbird。不同于Mozilla基金会，Mozilla公司是一个应税实体，这给它在追逐收益以及其他商业活动带来了更多自由。
随着Mozilla公司的成立，Mozilla基金会把产品化的软件开发和商业相关的活动都转移给了这个新的下属机构。Mozilla基金会现在只专注于监管和战略等事宜，它也继续管理一些没有产品化的项目，比如Camino和SeaMonkey。Mozilla基金会现在拥有Mozilla商标和其他知识产权，并且全部授权Mozilla公司使用。基金会还控制着Mozilla的程序源码库并且决定谁可以提交代码入库。
Mozilla基金会接受捐款作为一个资金来源。在成立的时候，除了AOL的200万美元捐款，Mitch Kapor也给了30万美元。基金会依法享有免税资格，当然下属机构Mozilla公司是应税的。
基金会也和Google签订协议，使用Google搜索作为Firefox浏览器的默认搜索引擎。另外，一个Firefox风格的Google搜索网站（about:home）被设置为Firefox的默认主页。这个赞助协议的具体金额根据Mozilla公司的财报，每年当在数千万至数亿美元的量级。除Google外，其它内置搜索引擎也多和Mozilla有类似的协议。
Mozilla基金会的董事会有5个成员，其中Mitchell Baker任主席。还有一些雇员，他们主要负责项目和政策事务，Mozilla公司成立后有些去了公司。
Mozilla的项目通常受一个委员会管理，这个委员会的成员后来一般都成了公司董事会成员或者公司员工。
在2006年的时候，OpenBSD的de Raadt请求那些通过发行包含OpenSSH的软件盈利的公司，给OpenSSH提供赞助，Mozilla基金会立刻提供的1万美元的赞助给de Raadt和OpenBSD用于OpenSSH的开发。这笔钱是通过和Google的合作而获得的收入。虽然当时这个赞助请求还发给了很多其他的大公司，如思科、IBM、惠普和红帽公司（他们都销售了包含OpenSSH的操作系统，但是却没提供过赞助），Mozilla基金会还是慷慨解囊，因为Mozilla基金会发现，如果没用OpenSSH，他们的很多员工就只能通过不安全的方法工作。
Mozilla欧洲、Mozilla日本和Mozilla中国是非营利组织，他们的目的是推广和普及Mozilla的产品和项目。他们是独立的机构，虽然和Mozilla基金会是相关联的。