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隅山健太 - 発生進化遺伝学 マウス発生工学
Kenta Sumiyama, Ph. D. - mouse transgenesis, cis-regulatory elements, evo-devo
*現在の所属は 理化学研究所 生命機能科学研究センター（BDR） 高速ゲノム変異マウス作製支援ユニット ユニットリーダー〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-3 大阪大学生命システム棟3階E301新しいページはこちら
*この頁は遺伝研在籍時のHP情報のアーカイブです。
+++ お知らせ (2013-8-19更新) +++
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+++ お知らせ (2013-8-19更新) +++
・２０１３年８月１７日、１８日に遺伝研において研究集会「新機能獲得の分子進化」を開催しました。 多分野に渡る大変質の高い講演と、濃密なディスカッションで盛り上がりました。参加いただいた皆様、ありがとうございました。
・第17回（2012年度）日本細胞生物学会論文賞（CSF Award）を受賞しました。 京都大学・松田道行研究室との共同研究論文が受賞対象です。京都大学・上岡裕治助教との共同受賞です。Yuji Kamioka†, Kenta Sumiyama†, Rei Mizuno, Yoshiharu Sakai, Eishu Hirata, Etsuko Kiyokawa, and Michiyuki Matsuda*. †These authors contributed equally to this work "Live Imaging of Protein Kinase Activities in Transgenic Mice Expressing FRET Biosensors." Cell Structure and Function (2012) doi: 10.1247/csf.11045
+++ お知らせ (2013-4-18更新) +++
・シーラカンスゲノム論文が出版されました。HOXA14遺伝子の胎盤関連cis-element進化解析に参加しました。 Amemiya et al. "The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution.” Nature496, 311–316 (18 April 2013) doi:10.1038/nature12027
・Tol2トランスジェニックマウス(FRETバイオセンサー)の論文が出版されました。 この研究は京都大学・松田道行研究室との共同研究です。 Akihiro Goto, Kenta Sumiyama, Yuji Kamioka, Eiji Nakasyo, Keisuke Ito, Mitsuhiro Iwasaki, Hideki Enomoto, and Michiyuki Matsuda. "GDNF and Endothelin 3 Regulate Migration of Enteric Neural Crest-Derived Cells via Protein Kinase A and Rac1." The Journal of Neuroscience (2013) 33(11): 4901-4912; doi: 10.1523/ JNEUROSCI.4828-12.2013
・SINEのcis-element進化の共著論文が出版されました。Nakanishi et al. PLOS ONE (2012) 7(8): e43785. doi:10.1371/journal.pone.0043785
・Dlx遺伝子のcis-element進化の論文が出版されました。ほ乳類の頭顔面形態進化に関係する転写制御システムの有袋類・真獣類特異的な進化を明らかにしました。新奇機能cis-elementの起源を考える上で興味深いデータです。Sumiyama et al. “Theria-specific homeodomain and cis-regulatory element evolution of the Dlx3-4 bigene cluster in 12 different mammalian species.” JEZ Part B: Molecular and Developmental Evolution. Article first published online: 5 SEP 2012 | DOI: 10.1002/jez.b.22469.
・進化学辞典（日本進化学会編）が４月２５日に共立出版より出版されました。隅山健太が１７−３＜転写と翻訳調節＞を担当しました。
・共著論文が２件出版されました。Kryukov et al. Genome Biology and Evolution (2012) doi: 10.1093/gbe/evs026Moriyama et al. Current Biology (2012) doi: 10.1016/j.cub.2012.01.063
・Tol2トランスジェニックマウス作製についての論文が出版されました。FRETバイオセンサーを発現するトランスジェニックマウスは従来法では作製が困難でしたが、このような通常よりも導入が難しい遺伝子についても、Tol2トランスポゾン法を用いることでFRETバイオセンサーを高発現し安定した生体ライブイメージングができるトランスジェニックマウスが効率良く作製可能であることを報告しました。今後のマウス生体FRETライブイメージングにとって大きな技術的ブレークスルーになります。この研究は京都大学・松田道行研究室との共同研究です。 Yuji Kamioka†, Kenta Sumiyama†, Rei Mizuno, Yoshiharu Sakai, Eishu Hirata, Etsuko Kiyokawa, and Michiyuki Matsuda*. †These authors contributed equally to this work"Live Imaging of Protein Kinase Activities in Transgenic Mice Expressing FRET Biosensors." Cell Structure and Function (2012) doi: 10.1247/csf.11045
・脳エンハンサー化したトランスポゾンについての共著論文が出版されました。Tashiro et al. "A Mammalian Conserved Element Derived from SINE Displays Enhancer Properties Recapitulating Satb2 Expression in Early-Born Callosal Projection Neurons" PLOS ONE (2011) 6(12) e28497.
・シーラカンスのトランスポゾンについての共著論文が出版されました。Jeramiah J. Smith, Kenta Sumiyama and Chris T. Amemiya. "A living fossil in the genome of a living fossil: Harbinger transposons in the coelacanth genome" Molecular Biology and Evolution (2011) doi: 10.1093/molbev/msr267.
・ヒト特異的エンハンサーに関する論文が出版されました。Kenta Sumiyama* and Naruya Saitou. *Corresponding author"Loss-of-function mutation in a repressor module of human-specifically activated enhancer HACNS1." Molecular Biology and Evolution (2011) 28(11) 3005-3007.
・トランスポゾンを使った新しい高効率トランスジェニックマウス作製法プロトコール生物機能モデルと新しいリソース・リサーチツール ６節４項 エル・アイ・シー
・実験医学クローズアップ実験法に掲載 (Vol.28 No.16 2010 2653-2660)
・Genomics に論文掲載Genomics 95(5), 306-311, 2010. Genomics Top 10 Most Downloaded (2010 Oct 6)
研究の概要脊椎動物はナメクジウオのような単純な体制の祖先生物から、新しい付属器官を獲得してわれわれヒトのような高度な体制を持つ生物に進化してきました。この過程で、遺伝子が新しい発現を獲得するためには新しい遺伝子発現を制御する領域 （cis-element）を獲得する進化が重要であることが最近のゲノム配列情報を用いた比較解析から明らかになってきました。なぜわれわれは進化することができたのか、複雑な脊椎動物への進化を可能にしたゲノムレベルのメカニズムを解明するため、バイオインフォーマティクスとトランスジェニック動物を使った実験を組み合わせてcis-elementの機能解析による進化研究をしています。分子進化・発生進化的な研究と共に、エンハンサー研究を進めるための技術的な開発も進めています。cis-elementの機能進化を解析するための新しい分子進化学的な方法の開発、BACを用いたトランスジェニックマウス作製法の改良、さらにトランスポゾンを応用した高効率な新しいトランスジェニックマウス作製方法の開発をしています。詳しくは 各研究項目をご覧下さい。
・Tol2トランスジェニックマウス(FRETバイオセンサー)の論文が出版されました。 この研究は京都大学・松田道行研究室との共同研究です。 Akihiro Goto, Kenta Sumiyama, Yuji Kamioka, Eiji Nakasyo, Keisuke Ito, Mitsuhiro Iwasaki, Hideki Enomoto, and Michiyuki Matsuda. "GDNF and Endothelin 3 Regulate Migration of Enteric Neural Crest-Derived Cells via Protein Kinase A and Rac1." The Journal of Neuroscience (2013) 33(11): 4901-4912; doi: 10.1523/ JNEUROSCI.4828-12.2013
・SINEのcis-element進化の共著論文が出版されました。Nakanishi et al. PLOS ONE (2012) 7(8): e43785. doi:10.1371/journal.pone.0043785
・Dlx遺伝子のcis-element進化の論文が出版されました。ほ乳類の頭顔面形態進化に関係する転写制御システムの有袋類・真獣類特異的な進化を明らかにしました。新奇機能cis-elementの起源を考える上で興味深いデータです。Sumiyama et al. “Theria-specific homeodomain and cis-regulatory element evolution of the Dlx3-4 bigene cluster in 12 different mammalian species.” JEZ Part B: Molecular and Developmental Evolution. Article first published online: 5 SEP 2012 | DOI: 10.1002/jez.b.22469.
・進化学辞典（日本進化学会編）が４月２５日に共立出版より出版されました。隅山健太が１７−３＜転写と翻訳調節＞を担当しました。
・共著論文が２件出版されました。Kryukov et al. Genome Biology and Evolution (2012) doi: 10.1093/gbe/evs026Moriyama et al. Current Biology (2012) doi: 10.1016/j.cub.2012.01.063
・Tol2トランスジェニックマウス作製についての論文が出版されました。FRETバイオセンサーを発現するトランスジェニックマウスは従来法では作製が困難でしたが、このような通常よりも導入が難しい遺伝子についても、Tol2トランスポゾン法を用いることでFRETバイオセンサーを高発現し安定した生体ライブイメージングができるトランスジェニックマウスが効率良く作製可能であることを報告しました。今後のマウス生体FRETライブイメージングにとって大きな技術的ブレークスルーになります。この研究は京都大学・松田道行研究室との共同研究です。 Yuji Kamioka†, Kenta Sumiyama†, Rei Mizuno, Yoshiharu Sakai, Eishu Hirata, Etsuko Kiyokawa, and Michiyuki Matsuda*. †These authors contributed equally to this work"Live Imaging of Protein Kinase Activities in Transgenic Mice Expressing FRET Biosensors." Cell Structure and Function (2012) doi: 10.1247/csf.11045
・脳エンハンサー化したトランスポゾンについての共著論文が出版されました。Tashiro et al. "A Mammalian Conserved Element Derived from SINE Displays Enhancer Properties Recapitulating Satb2 Expression in Early-Born Callosal Projection Neurons" PLOS ONE (2011) 6(12) e28497.
・シーラカンスのトランスポゾンについての共著論文が出版されました。Jeramiah J. Smith, Kenta Sumiyama and Chris T. Amemiya. "A living fossil in the genome of a living fossil: Harbinger transposons in the coelacanth genome" Molecular Biology and Evolution (2011) doi: 10.1093/molbev/msr267.
・ヒト特異的エンハンサーに関する論文が出版されました。Kenta Sumiyama* and Naruya Saitou. *Corresponding author"Loss-of-function mutation in a repressor module of human-specifically activated enhancer HACNS1." Molecular Biology and Evolution (2011) 28(11) 3005-3007.
・トランスポゾンを使った新しい高効率トランスジェニックマウス作製法プロトコール生物機能モデルと新しいリソース・リサーチツール ６節４項 エル・アイ・シー
・実験医学クローズアップ実験法に掲載 (Vol.28 No.16 2010 2653-2660)
・Genomics に論文掲載Genomics 95(5), 306-311, 2010. Genomics Top 10 Most Downloaded (2010 Oct 6)
研究の概要脊椎動物はナメクジウオのような単純な体制の祖先生物から、新しい付属器官を獲得してわれわれヒトのような高度な体制を持つ生物に進化してきました。この過程で、遺伝子が新しい発現を獲得するためには新しい遺伝子発現を制御する領域 （cis-element）を獲得する進化が重要であることが最近のゲノム配列情報を用いた比較解析から明らかになってきました。なぜわれわれは進化することができたのか、複雑な脊椎動物への進化を可能にしたゲノムレベルのメカニズムを解明するため、バイオインフォーマティクスとトランスジェニック動物を使った実験を組み合わせてcis-elementの機能解析による進化研究をしています。分子進化・発生進化的な研究と共に、エンハンサー研究を進めるための技術的な開発も進めています。cis-elementの機能進化を解析するための新しい分子進化学的な方法の開発、BACを用いたトランスジェニックマウス作製法の改良、さらにトランスポゾンを応用した高効率な新しいトランスジェニックマウス作製方法の開発をしています。詳しくは 各研究項目をご覧下さい。
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