Il Museo Paleolitico di Isernia si trova ad Isernia. La sua esposizione riguarda tutti gli oggetti provenienti dallo scavo archeologico di Isernia La Pineta e comprende sia una sede museale di Santa Maria delle Monache, sia l'area di "La Pineta", dove proseguono gli scavi del paleo suolo.

Dal dicembre 2014 il Ministero per i beni e le attività culturali lo gestisce tramite il Polo museale del Molise, nel dicembre 2019 divenuto Direzione regionale Musei.

Il museo è stato inaugurato ad Isernia nel 1999.

La struttura presso il sito di La Pineta è concepita come un laboratorio nel quale i visitatori possono assistere ai lavori e dove i reperti provenienti dallo scavo possono essere restaurati, studiati ed esposti al pubblico direttamente sul posto. Momentaneamente i reperti provenienti dall'accampamento sono esposti nella sede di Santa Maria delle Monache.

Il giacimento preistorico di Isernia fu scoperto occasionalmente nel 1978 durante i lavori per la costruzione di una bretella della SS 85; per l'enorme quantità di reperti rinvenuti o ancora da scoprire rappresenta un'eccezionale documentazione delle fasi più antiche del popolamento del continente europeo e costituisce un punto nodale per lo studio della preistoria italiana ed europea.

Il museo sannitico è un museo statale italiano di Campobasso, situato nel centro storico della città, nell'antico palazzo Mazzarotta. Espone reperti provenienti dal territorio dell'antico Samnium coincidente con l'attuale regione Molise che sono riferibili a varie epoche, principalmente a quella romana.

Dal dicembre 2014 il Ministero per i beni e le attività culturali lo gestisce tramite il Polo museale del Molise, nel dicembre 2019 divenuto Direzione regionale Musei.

Il materiale esposto è frutto di diverse donazioni di materiale antiquario risalenti ad epoche diverse e i reperti erano presentati in quattro gruppi espositivi:

• “Le persone”

• “La casa”

• “Le attività”

• “I culti”

Fino a qualche anno fa nella sala del piano interrato era ricostruita una grande ed impressionante sepoltura di un cavaliere con il suo cavallo trovata nel comune di Campochiaro, nella zona tra Saepinum e Bovianum, favorito dal ducato longobardo di Benevento che dominava allora tutto il territorio molisano.

Alcune sale sono attrezzate per diverse attività didattiche. Recentemente sono stati aggiunte nuove sale espositive per ospitare i reperti archeologici più importanti frutto delle ultime ricerche e scoperte archeologiche.

Il museo dei misteri di Campobasso è un museo italiano gestito dall'Associazione misteri e tradizioni. È situato nel centro della città ed espone le strutture e i costumi che caratterizzano la manifestazione folkloristica più rappresentativa della città nonché una delle più seguite della regione Molise, il festival dei Misteri, che si svolge la domenica del Corpus Domini.

Nella struttura vi sono due sale espositive e una sala proiezioni.

La sala all'ingresso accoglie alcuni costumi d'epoca e antiche testimonianze fotografiche delle passate manifestazioni, la sala principale custodisce le 13 strutture protagoniste della sfilata, la sala proiezioni mette a disposizione testimonianze video delle manifestazioni girate nel 1929, 1948, 1952, 1958, 1999 e 2006 senza limitarsi solamente alla sfilata, ma mostrando anche quelli che sono i backstage del Festival, e mostrando anche come si sia evoluta tale rappresentazione nel corso degli anni, tuttavia lasciando l'atmosfera che la circonda totalmente invariata.