A Unidade tem como patrono o senhor Carlos Santos, agricultor, conhecido popularmente com Melhoral, que atendendo à reivindicação da comunidade local, construiu uma modesta casa de madeira com telha de zinco no terreno, onde a Escola funciona atualmente, cedido pelo agricultor e tio do Patrono, o senhor Jesuíno dos Santos, falecido em 12 de dezembro de 1962. Após sua morte, um de seus filhos resolveu vender a propriedade.

Nesse mesmo período, foi fundada, neste mesmo terreno onde está situada a escola, a Comunidade de São Francisco. Era formada basicamente por familiares de agricultores e moradores das proximidades do KM 25 da rodovia AM-010. Como essas famílias não dispunham de escolas para seus filhos, a própria Comunidade se mobilizou, com incentivo e apoio do senhor Carlos Santos, e fez brotar uma escola onde todos eram os partícipes. Carlos Santos era muito devoto de São Francisco de Assis e envolvido com políticos desse tempo, tinha facilidade de conseguir donativos não só para os festejos do santo padroeiro mas também para a manutenção da Escola

Tempo depois, o terreno foi vendido para os padres do Pontifício Instituto das Missões - PIMI. Mesmo assim a Escola continuou funcionando, sob égide de Carlos Santos. No ano de 1965, o Patrono, por não mais ter condições físicas e com idade avançada, resolveu transferir a responsabilidade da manutenção à Prefeitura de Manaus. Depois disso, foi construída uma nova escola, com apenas duas salas de aula, atendendo as necessidades daquele período. Com o passar dos anos, a Comunidade foi se expandindo, e a Escola aumentou sua demanda, visto que os comunitários passaram a exigir um espaço que lhes oferecesse melhor comodidade. Em 1995, as reivindicações de dos foram atendidas e a Escola foi reformada e ampliada, uma infraestrutura com 4 salas de aula, 1 de leitura, 1 diretoria, 1 cozinha com depósito de merenda, um refeitório e 6 banheiros. A Unidade passou por outra reforma e ampliação de seu espaço físico em abril de 2001.

Hoje, a Escola atende a comunidade nos três turnos com as seguintes modalidades: Educação Infantil, 1° ao 5°anos, Se Liga e Acelera nos turnos matutino vespertino; cessão de infraestrutura e logística do espaço físico a Ensino Médio Tecnológico, como anexo da Escola Estadual Vicente Teles, noturno, à Secretaria Estadual de Educação e Qualidade do Ensino - SEDUC-AM, de 2007 ato presente momento.

A primeira Diretora da Unidade, em 1980, foi a professora Maria das Graças Lopes, seguida da professor Fátima Gomes de Vasconcelos que geriu o estabelecimento de 1982 a 1997. No período de 1998 a agosto de 1999, dirigiu a Escola a professora Isabel Martins dos Anjos. Já no período de 1999 a 2005 assumiram a professora Márcia Cordeiro, o professor Tamilton Costa de Azevedo e a professora Roberlane Ramos Chaves da Costa. De setembro de 2005 a janeiro de 2010 os professores Júlio Marques da Silva e Márcia Araújo da Silva estiveram na gestão da Escola. Em janeiro de 2010 passou a administrar a Escola José Alexandre da Silva, permanecendo até o início de 2020. Atualmente o gestor da escola é o professor Carlos Alberto Figueiredo de Queiroz