分類の研究

これまでに新種（新属）として提案したバクテリアです。 

分離源：研究船（淡青丸、白鳳丸、みらい）によるサンプリングから陸からのバケツ採水まで。

分離した場所のまとめ Google map

これまでに様々な海域から新種の細菌を分離することに成功しています（相模湾 P点 35°00’ N, 139°20’ E、黒潮域 32°30’ N, 138°00’ E、晴海 35°39’ N, 139°46' E、赤道域 00°05’ N, 170°00’ E、淡青丸 S点 30°40’ N 138°00’ E、淡青丸 32°00’ N, 138°139’ E、みらい航海 30°11’ N, 145°05’ E、みらい航海 46°52’ N, 160°01’ E、三崎 35°09.5’ N, 139°36.5’ E、サロマ湖 44°07′ N, 143°58′ E）。

提案した種：１７種（新属９、新種８）＊発光細菌５種

＊Vibrio azureus strain LC2-005T

2005年淡青丸航海で分離した株。16S rRNAの全長を決めても、種がよく分からず困っていたが、ルシフェラーゼ遺伝子を決めて系統樹を書いてみたところ既知種と異なることが分かり、新種記載に至った。しかも、他のVibiro属発光細菌と発光色が明らかに異なり、細胞内に青色蛍光タンパク質（のちにVA-BFPと命名）を持つことが分かった。これまでVibrio属で蛍光タンパク質を持つ株は知られていなかったので、蛍光タンパク質をもつ初のVibiro属発光細菌です。

論文：Susumu Yoshizawa, Minoru Wada, Kumiko Kita-Tsukamoto, Eiko Ikemoto, Akira Yokota and Kazuhiro Kogure. Vibrio azureus sp. nov., a luminous marine bacterium isolated from seawater. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 59, 1645-1649. (2009)

分離源：Strains LC2-005T and LC2-102 were isolated from seawater samples obtained from Kuroshio Region (32°30’ N, 138°00’ E) and Sagami Bay (35°00’ N, 139°20’ E) during cruises KT-05-16 (2005) and KT-05-31 (2005) of RV ‘Tansei Maru’. 

名前：Vibrio azureus (a.zur'e.us. N.L. masc. adj. azureus azure blue, referring to the colour of emitted light).

＊Photobacterium aquimaris strain LC2-065T

こちらも2005年淡青丸航海で分離した発光細菌。これもVibrio azureusと同様に、この種なんだ？分からないぞ〜、と思っていたところ新種でした。この株も青色蛍光タンパク質を作り、非常に強い光を放ちます。他のPhotobacterium属は魚から分離されたものばかりだったので、名前は海の水とつけました。

論文：Susumu Yoshizawa, Minoru Wada, Kumiko Kita-Tsukamoto, Akira Yokota and Kazuhiro Kogure. Photobacterium aquimaris sp. nov., luminous marine bacteria isolated from seawater. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 59, 1438-1442. (2009) 

分離源：Strains LC2-065T and LC2-086 were isolated from seawater samples taken from Sagami Bay (35°00’ N, 139°20’ E) during the KT-05-16 cruise of RV ‘Tansei Maru’ (2005). 

名前：Photobacterium aquimaris (a.qui.ma'ris. L. n. aqua water; L. gen. n. maris of the sea; N.L. gen. n. aquimaris of water of the sea).

＊Aliivibrio sifiae strain H1-1T

これは晴海埠頭の海水から分離した発光細菌です。この株は遺伝子解析から発光細菌で唯一黄色く光るY1株と同種であることが分かりました（H1-1は黄色く光らないですが）。このY1という株は、分離された時はVibrio fischeri strain Y1と報告されています（Ruby and Nealson 1977 science）。その後、属が再分類されAliivibrio fischeriに、そして、ついに私が正式にAliivibrio sifiaeと提案しました！最初の報告から33年経ちようやく名前がつきました！北欧神話の黄金の髪を持つシブ（Sif）が名前の由来です（ただしこの名前は別の論文で、Y1を含むルシフェラーゼクレードに付けられた名称です。既にsifiaeクレードと呼ばれていたので、それを引き継ぎ私が正式な名前として提案したという経緯です）。

論文：Susumu Yoshizawa, Hajime Karatani, Minoru Wada, Akira Yokota, and Kazuhiro Kogure. Aliivibrio sifiae sp. nov., luminous marine bacteria isolated from seawater. The Journal of General and Applied Microbiology, 56, 509-518. (2010) 

分離源：Strain H1-1T (NBRC 105001T) and H1-2 (NBRC 105002) were isolated from surface seawater at Harumi Pier in Tokyo Bay, Japan in 2007. 

名前：Aliivibrio sifiae (si.fi’a.e. N.L. fem. Gen. n sifiae of Sif, the name of Norse goddess. Sif’s hair was made of gold, and the name was chosen to reflect the yellow color of the luminescence).

＊Vibrio sagamiensis strain LC2-047T

その名の通り、相模湾から分離した発光細菌です。こちらは、Vibrio azureusと非常に近縁ですが、ルシフェラーゼ遺伝子の系統が異なりDNA/DNAハイブリで別種と判定されたので新種として提案しました。既に名前のアイデア不足で、分離源を名前につけてしまいました。

論文：Susumu Yoshizawa, Minoru Wada, Akira Yokota, and Kazuhiro Kogure. Vibrio sagamiensis sp. nov., luminous marine bacteria isolated from sea water. The Journal of General and Applied Microbiology, 56, 499-507. (2010)

分離源：Strain LC2-047T (NBRC 104589T) and strain LC1- 908 (NBRC 104590) were isolated from seawater, obtained from Sagami Bay (35°00’ N, 139°20’ E) during the KT-05-16 cruise of R/V Tansei Maru and an equatorial area (0005’ N, 17000’ E) during the KH-04-5 cruise of R/V Hakuho Maru.

名前：Vibrio sagamiensis (sa.ga.mi.en'sis. N.L. adj. sagamiensis referring to Sagami Bay, the place of isolation)

＊Vibrio jasicida strain TCFB 0772T

この株はいろいろな経緯があり私の分離した菌ではありませんが、この種と同種の発光細菌を私がたくさん分離してたこともあり、新種として提案しました。そのような経緯から、Vibrio関係者が著者にたくさん含まれる論文になっています。

論文：Susumu Yoshizawa, Yasuhiro Tsuruya, Youhei Fukui, Tomoo Sawabe, Akira Yokota, Kazuhiro Kogure, Melissa Higgins, Jeremy Carson and Fabiano L. Thompson. Vibrio jasicida sp. nov., a member of the Harveyi clade, from marine animals (packhorse lobster, abalone, and Atlantic salmon). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 62, 1864-1870. (2012)

分離源：Six strains, TCFB 0772T (JCM 16453T)  and TCFB 1000 (JCM 16455) were isolated from packhorse lobster, southern rock lobster (Jasus edwardsii), abalone and Atlantic salmon between 1994 and 2002. 

名前：Vibrio jasicida (ja.si.ci'da. N.L. n. Jasus zoological name of a genus that encompasses Jasus verreauxi, commonly referred to as the packhorse lobster, eastern rock lobster or green rock lobster; L. suff. -cida murderer, killer; N.L. n. jasicida Jasus-killer, a killer of packhorse lobsters).

＊Rubricoccus marinus strain SG-29T （新属新種）

私がこれまで分離した中で、既知種との16S rRNA遺伝子配列の相同性が最も低かった株です（86.1%）。最初見た時は、『えっ、何かの間違いじゃない』と思ったくらい。新目？新科？と思っていたのですが、あまりにも近縁種の情報が少なすぎて（近縁なグループは好熱細菌と好塩細菌）、新属にしかなりませんでした（事情がいろいろあります）。新属提案をした時は、Bacteroidetes門、Cytophagia綱でしたが、その後、このバクテリアを含むグループは再分類されRhodothermaeota門、Rubricoccaceae科になり、科の名前になりました（新属提案いこう私は何もしてませんが）！

＊珍しい株なので、ゲノム解析を行ったところ、新規ロドプシンを持つなど色々新しい発見がありました！

論文：Sanghwa Park, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure and Akira Yokota. Rubricoccus marinus gen. nov., sp. nov., of the family ‘Rhodothermaceae’, isolated from seawater. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 61, 2069-2072. (2011) 

分離源：An aerobic, red-pigmented bacterium was isolated from seawater samples obtained from the western North Pacific Ocean (30°40’ N 138°00’ E) during voyage KT-09-11 of RV Tansei Maru. 

名前：Rubricoccus (Ru.bri.coc’cus. L. adj. ruber reddish; N.L. n. coccus from Gr. masc. n. kokkos a berry, unit; N.L. masc. n. Rubricoccus reddish coccus). Rubricoccus marinus (ma.ri’nus. L. masc. adj. marinus of the sea, marine).

＊Aureitalea marina strain S1-66T （新属新種）

海洋地球研究船「みらい」で分離した細菌です。当時は新属クラスが何株も分離できて、大興奮でした！

論文：Sanghwa Park, Susumu Yoshizawa, Kentaro Inomata, Kazuhiro Kogure and Akira Yokota. Aureitalea marina gen. nov., sp. nov., a member of the family Flavobacteriaceae, isolated from seawater. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 62, 912-916. (2012) 

分離源：An aerobic, yellow-pigmented bacterium, strain S1-66T, was isolated from seawater samples from the western North Pacific Ocean ( 30°11’ N, 145°05’ E). R/V Mirai (MR10-01 cruise).

名前：Aureitalea (Au.re.i.ta'le.a. L. adj. aureus golden; L. fem. n. talea a rod; N.L. fem. n. Aureitalea golden rod). Aureitalea marina (ma.ri'na. L. fem. adj. marina of or belonging to the sea, marine).

＊Aureicoccus marinus strain SG-18T （新属新種）

学術研究船“淡青丸”で比較的外洋から分離した細菌です。

論文：Sanghwa Park, Susumu Yoshizawa, Yuki Muramatsu, Yasuyoshi Nakagawa, Akira Yokota and Kazuhiro Kogure. Aureicoccus marinus gen. nov., sp. nov., a member of the family Flavobacteriaceae, isolated from Pacific ocean. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 63, 1885-1890. (2013) 

分離源：An aerobic, yellow-pigmented bacterium was isolated from surface seawater samples from the western North Pacific Ocean (30°40’ N 138°00’ E) during cruise KT-09-11 of R/V Tansei Maru.

名前：Aureicoccus [Au.re.i.coc'cus. L. adj. aureus of the colour of gold, golden; N.L. masc. n. coccus (from Gr. n. kokkos grain or berry) a coccus; N.L. masc. n. Aureicoccus a golden coccus]. Aureicoccus marinus (ma.ri'nus. L. masc. adj. marinus of or belonging to the sea, marine).

＊Halioglobus japonicus strain S1-72T & Halioglobus pacificus strain S1-36T（新属新種）

海洋地球研究船「みらい」で分離した細菌です。この株は新属の提案、およびこの属に含まれる２つの新種の提案をしています！

論文：Sanghwa Park, Susumu Yoshizawa, Kentaro Inomata, Kazuhiro Kogure and Akira Yokota. Halioglobus japonicus gen. nov., sp. nov., and Halioglobus pacificus sp. nov., within the class Gammaproteobacteria, isolated from seawater. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 62, 1784-1789. (2012)

分離源：Two coccoid, non-motile bacteria were isolated from seawater in the north-western Pacific Ocean near Japan. The two strains, designated S1-36T and S1-72T, were Gram-negative, obligately aerobic, heterotrophic and catalase-negative. These aerobic bacteria were isolated from seawater samples collected from the north-western Pacific Ocean (30°11’ N, 145°05’ E) during the R/V Mirai (MR10-01). 

名前：Halioglobus (Ha.li.o.glo'bus. Gr. adj. halios belonging to the sea or marine; L. masc. n. globus a ball, sphere, globe; N.L. masc. n. Halioglobus a marine coccus). Halioglobus japonicus (ja.po'ni.cus. N.L. masc. adj. japonicus pertaining to Japan, from where the isolate originated). Halioglobus pacificus (pa.ci'fi.cus. L. masc. adj. pacificus peaceful, pertaining to the Pacific Ocean).

＊Oceanicoccus sagamiensis strain PZ-5T（新属新種）

学術研究船“淡青丸”で分離した細菌です。

論文：Sanghwa Park, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure and Akira Yokota. Oceanicoccus sagamiensis gen. nov., sp. nov., a gamma-proteobacterium isolated from sea water of Sagami Bay in Japan. The Journal of Microbiology, 49, 233-237. (2011)

分離源：An aerobic bacterium was isolated from seawater samples obtained from Sagami Bay in Japan (35°00' N, 139°20' E; depth, 100 m) during KT-09-11 of R/V ‘Tansei Maru’.  

名前：Oceanicoccus (O.ce.a.ni.coc'cus. L. masc. n. oceanus the great sea, outer sea, ocean; N.L. masc. n. coccus from Gr. n. kokkos a berry; unit; N.L. masc. n. Oceanicoccus, coccus from sea).　Oceanicoccus sagamiensis (sa.ga.mi.en'sis. N.L. adj. saga- miensis referring to Sagami Bay, the site of isolation).

＊Psychrosphaera saromensis strain SA4-48T（新属新種）

冬季の北海道サロマ湖の湖面の氷に穴をあけ、その下の汽水から分離した細菌です。

論文：Sanghwa Park, Susumu Yoshizawa, Koji Hamasaki, Kazuhiro Kogure and Akira Yokota. Psychrosphaera saromensis gen. nov., sp. nov., within the family Pseudalteromonadaceae, isolated from Lake Saroma Japan. The Journal of General and Applied Microbiology, 56, 475-480. (2010) 

分離源：The samples were collected from Lake Saroma in Hokkaido, Japan on 22 February 2009 (44°07′ N, 143°58′ E; temperature, -1.5°C; salinity, 34.0 PSU; surface brackish water below sea ice).  

名前：Psychrosphaera (Psy.chro.sphae'ra. Gr. Adj. psychros cold; M.L. fem. n. Sphaera sphere; N.L. fem. n. Psychrosphaera a cold sphere). Psychrosphaera saromensis (sa.ro.men'sis N.L. fem. Adj. saro-mensis, pertaining to Lake Saroma, where organisms were collected).

＊Pelagitalea pacifica strain K2-48T（新属新種）

海洋地球研究船「みらい」で分離した細菌です。この株は比較的高緯度に位置するK2サイトから分離しました、雪の降るなか海水を処理した記憶があります。

論文：Hyunsang Lee, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, Hyun Soo Kim and Jaewoo Yoon. Pelagitalea pacifica gen. nov., sp. nov., a New Marine Bacterium Isolated from Seawater. Current Microbiology, 70: 514-519. (2015) 

分離源：Strain K2-48T was isolated from the seawater samples collected from the Western North Pacific (46°52’ N, 160°01’ E; depth, 50 m; temperature 1.5 °C) during the R/V Mirai (MR10-01 cruise).

名前：Pelagitalea (Pe.la.gi.ta’le.a. L. n. pelagus, the sea; L. fem. n. talea, a rod; N.L. fem. n. Pelagitalea, a rod of the sea). Pelagitalea pacifica (pa.ci’fi.ca. N.L. fem. adj. pacifica referring to the Pacific Ocean, from which the type strain was isolated).

＊Nonlabens marinus strain S1-08T（新種）

海洋地球研究船「みらい」で分離した細菌です。この株をゲノム解析したところ、ゲノム上に機能の異なる３つのロドプシンを持つことが分かりました。ゲノム上に３つのイオン輸送型ロドプシンを持つ初の例になっただけでなく、細菌からの初のCl-輸送型ロドプシン（ClRと命名）が見つかったのもこの株です。

論文：Sanghwa Park, Susumu Yoshizawa, Chiura hiroshi xavier, Yuki Muramatsu,Yasuyoshi Nakagawa, Kazuhiro Kogure and Akira Yokota. Nonlabens marinus sp. nov., a novel marine bacterium isolated from Pacific Ocean. Antonie Van Leeuwenhoek, 102, 669-676. (2012)

分離源：Strains S1-05 and S1-08T were isolated from seawater samples collected from the western north Pacific Ocean (30°11’ N, 145°05’ E; depth 0 m) by the R/V Mirai (MR10-01 cruise). 

名前：Nonlabens marina (ma.ri’na. L. fem. adj. marina of or belonging to the sea, marine).と当初記載したのですが、活用間違い？が指摘されmarinusに訂正されました。

＊Rubrivirga marina strain SAORIC-28T（新属新種）

2nd著者のSongさん（当時大学院生）が淡青丸航海で深海（3000 m）から分離した細菌です。Rubricoccus marinusと近縁ですが、新属新種です。このグループは不思議なことに、大気海洋研究所の航海からしか報告がありません。

論文：Sanghwa Park, Jaeho Song, Susumu Yoshizawa, Ayoung Choi, Jang-Cheon Cho and Kazuhiro Kogure. Rubrivirga marina, gen. nov., sp. nov., a member of the family Rhodothermaceae isolated from the deep sea. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 63, 2229-2233. (2013)

分離源：Two aerobic, Gram-stain-negative, pale-red-pigmented and rod-shaped bacterial strains, designated SAORIC-26 and SAORIC-28T, were isolated from seawater (3000 m depth) from the Pacific Ocean. Two aerobic bacteria were isolated from a deep seawater sample obtained from the western North Pacific Ocean (32°00’ N, 138°139’ E; depth, 3000 m) during the research cruise (KT-10-12) of RV ‘Tansei Maru’.

名前：Rubrivirga (Ru.bri.vir'ga. L. adj. ruber -bra -brum red; L. fem. n. virga a rod; N.L. fem. n. Rubrivirga a red rod.) Rubrivirga marina. (ma.ri'na. L. fem. adj. marina of the sea, marine.).

＊Aurantivirga profunda strain SAORIC-234T（新属新種）

1st著者のSongさん（当時大学院生）がみらい航海で深海（1000 m）から分離した細菌です。

論文：Jaeho Song, Ayoung Choi, Mihye Im, Yochan Joung, Susumu Yoshizawa, Jang-Cheon Cho and Kazuhiro Kogure. Aurantivirga profunda gen. nov., sp. nov., a member of the family Flavobacteriaceae isolated from deep seawater. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 65, 4850-4856. (2015) 

分離源：Strain SAORIC-234T was isolated aerobically from a deep-seawater sample collected in the north-western Pacific Ocean (47°00’ N 160°00’  E; depth, 1000 m) during the research cruise (R/V Mirai, MR-11-05). 

名前：Aurantivirga (Au.ran.ti.vir’ga. N.L. adj. aurantus orange; L. fem. n. virga rod; N.L. fem. n. Aurantivirga orange rod.) Aurantivirga profunda (pro.fun’da L. fem. adj. profunda deep, profound, referring to the environment where the type strain was isolated).

＊Algibacter aquaticus strain SK-16T（新種）

1st著者のWongさん（当時大学院生）が三崎臨海実験所近くの表層海水から分離した細菌です。

論文：Shu-Kuan Wong, Sanghwa Park, Jung-Sook Lee, Keun Chul Lee, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Hiroshi Xavier Chiura, Susumu Yoshizawa and Koji Hamasaki. Algibacter aquaticus sp. nov., a slightly alkaliphilic marine Flavobacterium isolated from coastal surface water. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 67, 2199-2204. (2017)

分離源：A rod-shaped, pale yellow-pigmented, aerobic, Gram-staining-negative strain with gliding motility, designated as strain SK-16T, was isolated from the coastal surface water of a semi-enclosed coastal inlet in Misaki (Misaki Marine Biological Station, University of Tokyo), Japan. 

名前：Algibacter aquaticus (a.qua'ti.cus L. masc. adj. aquaticus living, growing, or found in or by water, aquatic).

＊Amylibacter kogurei strain 4G11T（新種）

1st著者のWongさん（当時大学院生）が三崎臨海実験所近くの表層海水（SML: 海表面マイクロレイヤー）から分離した細菌です。微生物分野教授であり、数多くの海洋微生物に関する発見をされた木暮教授の名前が献名されました。

論文：Shu-Kuan Wong, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Marie Johanna Cuadra, Yuichi Nogi, Keiji Nakamura, Hideto Takami, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Hiroshi Xavier Chiura, Koji Hamasaki. Amylibacter kogurei sp. nov., a novel marine alphaproteobacterium isolated from the coastal sea surface microlayer of a marine inlet. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 68: 2872-2877. (2018)

分離源：Strain 4G11T was isolated from an SML water sample collected using a drum sampler positioned near the pier of the University of Tokyo’s Misaki Marine Biological Station at Misaki, Japan. 

名前：Amylibacter kogurei (ko.gu're.i. N.L. gen. n. kogurei of Kogure, to honour the Japanese microbiologist, Kazuhiro Kogure in recognition of his contribution to the field of marine microbiology).