ปัญหาและอุปสรรคที่สําคัญของอาเซียน
1. ประเทศสมาชิกอาเซียนมีสภาพภูมิศาสตร์คล้ายคลึงกันจึงมีสินค้าเกษตรหรือแร่ธาตุที่คล้ายคลึงกันบางครั้งจึงมีการแย่งตลาดกันเอง และสินค้าส่วนใหญ่เป็นผลผลิตทางการเกษตรที่ยังไม่ได้แปรรูปทําให้ราคาสินค้าตกตํ่า นโยบายเขตการค้าเสรีในภูมิภาคนี้จึงดําเนินไปอย่างช้ามาก จะแก้ไขปัญหานี้ได้จะต้องมีการแบงการผลิตตามความถนัดของแต่ละประเทศแล้วนํามาแลกเปลี่ยนกัน จึงจะเกิดการรวมกลุ่มกันได้แต่ถ้าต่างคนต่างผลิตโดยไม่มีการกําหนดมาตราฐานร่วมกันในการวางแผนการผลิตก็ถือว่าเป็นปัญหาใหญ่ในการรวมกลุ่ม
2. สินค้าอุตสาหกรรมในกลุ่มอาเซียนนั้นก็เป็นอุตสาหกรรมประเภทเดียวกันแต่ละประเทศต่างก็มุ่งจะพัฒนาประเทศให้เป็นประเทศที่พัฒนาแล้วตามแบบอย่างตะวันตกจึงต้องมีการจัดซื้อเทคโนโลยีชั้นสูงประเทศในกลุ่มอาเซียนที่พอจะผลิตสินค้าเทคโนโลยีได้ก็คือสิงคโปร์แต่ประเทศ สมาชิกก็เกี่ยงว่ายังไม่มีคุณภาพจึงจําเป็นที่จะต้องพึ่งพาสินค้าจากประเทศอุตสาหกรรมนอกกลุ่มอาเซียนทําให้การค้าขายระหว่างกันในกลุ่มอาเซียนทําได้ยากวิธีการแก้ไขจะต้องมีการแบ่งงานกันทำและยอมรับสินค้าประเทศในภูมิภาคเดียวกัน รวมทั้งจะต้องมีการพัฒนาคุณภาพสินค้าภายในกลุ่มประเทศอาเซียนให้ดีขึ้น
3. ประเทศในอาเซียนพยายามพัฒนาอุตสาหกรรมภายในประเทศเพื่อทดแทนการนําเข้าแต่ละประเทศพยายามส่งเสริม พัฒนาและคุ้มครองอุตสาหกรรมในประเทศตน โดยการใช้กําแพงภาษีหรือกําหนดโควต้า ซึ่งสวนทางกับหลักการในการรวมกลุ่มและตลาดการค้าเสรี ซึ่งเป็นประเทศสมาชิก มารวมกลุ่มกันต้องยกเลิกข้อเลือกปฏิบัติทางการค้าระหว่างประเทศเพื่อก่อให้เกิดการค้าเสรี (Free Trade) ดังนั้นข้อตกลงใน AFTA ของอาเซียนหลายข้อจึงยิ่งไม่ได้รับการปฏิบัติ
4. ประเทศสมาชิกยังคงปกป้องผลประโยชน์แห่งชาติของตนเป็นหลัก และการหารายได้เข้าของรัฐประเทศในอาเซียนมีลักษณะเหมือนกัน คือรายได้หลักของประเทศมาจากการเก็บภาษีศุลกากร สินค้าขาเข้าและขาออกซึ่งการรวมกลุ่มเป็นประชาคมอาเซียนให้ยกเลิกการเก็บภาษีระหว่างกันหรือ เก็บภาษีให้น้อยลง แต่ประเทศสมาชิกไม่สามารถสละรายได้ในส่วนนี้ได้เน ื่องจากเป็นเงินที่ต้องนํามาพัฒนาประเทศ การรวมกลุ่มเพื่อให้เกิดการค้าเสรีระหว่างประเทศในภาคีจึงยิ่งทำได้ยาก
5. ความแตกต่างกันทางการเมืองและการปกครอง กฎบัตรอาเซียนได้กําหนดไว้ชัดเจนถึง หลักการประชาธิปไตยและให้ประเทศสมาชิกยึดมั่นต่อรัฐบาลที่มาจากวิถีทางรัฐธรรมนูญ การสร้างประชาคมความมั่นคงอาเซียนก็จะช่วยยกระดับความร่วมมือในการส่งเสริมประชาธิปไตยของแต่ละ
5.1 แบบประชาธิปไตยในระบบรัฐสภา มี 4 ประเทศ คือ ไทย กัมพูชา สิงคโปร์และ มาเลเซีย
5.2 ประชาธิปไตยในระบบประธานาธิบดี 2 ประเทศ คือ อินโดนีเซีย และฟิลิปปินส์
5.3 เผด็จการสังคมนิยมคอมมิวนิสต์ 2 ประเทศ คือ ลาวและเวียดนาม
5.4 เผด็ดการทหาร 1 ประเทศ คือเมียนมาร์หรือพม่า
5.5 สมบูรณาญาสิทธิราชย์ 1 ประเทศ คือ บรูไน
สมาชิกในกลุ่มอาเซียนมีความแตกต่างกันอย่างเห็นได้ชัด สมาชิกบางประเทศยังมีปัญหาด้าน ความเป็นประชาธิปไตย และยงปกครองในรูปแบบเผด็จการและต้องการรักษาอํานาจของตนไว้ทําให้อาเซียนพัฒนาได้อย่างยากลำบาก
6. ความขัดแย้งระหว่างประเทศอาเซียน ประเทศสมาชิกในกลุ่มอาเซียนยังมีปัญหาความ ขัดแย้งระหว่างประเทศอยู่ เช่น ปัญหาพรมแดนระหว่างประเทศไทย ่ - กัมพชาู ปัญหาพรมแดนระหว่าง มาเลเซีย – ฟิลิปปินส์ - อินโดนีเซีย
7. ความแตกต่างด้านสังคมและวัฒนธรรมภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เป็นดินแดนซึ่งมีความหลากหลายทางเชื้อชาติศาสนา โดยสามารถแบ่งกลุ่มประเทศตามศาสนาที่ประชากรส่วนใหญ่ของประเทศนับถือได้ ดังนี้
-ประเทศที่ประชากรส่วนใหญ ่ นับถือศาสนาอิสลาม คือ บูรไน อินโดนีเซีย และมาเลเซีย
- ประเทศที่ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ คือ กัมพูชา ลาว พม่า เวียดนาม สิงคโปร์และประเทศไทย
- ส่วนในฟิลิปปินส์ประชากรส่วนใหญ่ นับถือศาสนาคริสต์
นอกเหนือจากความแตกตางทางศาสนาแล้วปัญหาชนกลุ่มน้อยที่มีจํานวนมาก ซึ่งแน่นอนว่าย่อมจะมีความแตกต่างทาง ความเชื่อ วิถีชีวิต ภาษา ขนบธรรมเนียมประเพณีและวัฒนธรรม ก็เป็นอุปสรรคต่อการหลอมรวมสร้างความเป็นหนึ่งเดียว