กฎบัตรอาเซียน ซึ่งเปรียบเสมือนกฎหมายสูงสุดของอาเซียน ซึ่งมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 15 ธันวาคม 2551 เป็นเอกสารหลักที่กําหนดโครงสร้างองค์กรของอาเซียน ไว้ในหมวดที่ 4 ดังนี้

1. ที่ประชุมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit)

ที่ประชมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit) ประกอบด้วย ประมุขหรือหัวหน้ารัฐบาล มี อํานาจหน้าที่ในการกําหนดนโยบายสูงสุดและแนวทางความร่วมมือของอาเซียน และตัดสินใจในเรื่องสําคัญ โดยให้ประเทศสมาชิกซึ่งเป็นประธานอาเซียนเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม 2 ครั้งต่อปีหรือเรียก ประชุมพิเศษหรือเฉพาะกิจเมื่อมีความจําเป็น

2. คณะมนตรีประสานงานอาเซียน (ASEAN Coordinating Councils : ACCs)

คณะมนตรีประสานงานอาเซียน ประกอบด้วยรัฐมนตรีต่างประเทศของประเทศสมาชิกอาเซียนทําหน้าที่เตรียมการประชุม สดยอดอาเซียนประสานงานความตกลงและข้อตัดสินใจของที่ประชุมสดยอดอาเซียนประสานงานระหว่าง 3 เสาหลักดูแล การดําเนินงานและกิจการต่างๆ ของ อาเซียนในภาพรวม คณะมนตรีประสานงานอาเซียนจะมีการประชุมกันอย่างน้อย 2 ครั้งต่อปี

3. คณะมนตรีประชาคมอาเซียน (ASEAN Community Councils)

คณะมนตรีประชาคมอาเซียนประกอบด้วย คณะมนตรีประชาคม 3 เสาหลัก อันได้แก่ คณะมนตรีการเมืองและความมนคงอาเซียน คณะมนตรีประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน และคณะมนตรี ประชาคมสังคมและวัฒนธรรมอาเซียน ซึ่งเป็นผู้แทนที่ประเทศสมาชิกแต่งตั้งให้เป็นผู้รับผิดชอบแต่ละเสาหลักมีอํานาจหน้าที่ในการประสานงานและติดตามการทํางานตามนโยบายโดยเสนอรายงานและข้อเสนอแนะต่อที่ประชุมผู้นํา มีการประชุมอย่างน้อยปีละ 2 ครั้ง ประธานการประชุมเป็นรัฐมนตรีที่เหมาะสมจากประเทศสมาชิกซึ่งเป็นประธานอาเซียน

4. องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา (ASEAN Sectoral Ministerial Bodies)

องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา(เช่น ด้านสาธารณสุข ด้านกลาโหม ด้านการศึกษาฯลฯ) ประกอบด้วยรัฐมนตรีเฉพาะสาขา มีหน้าที่ปฏิบัติตามข้อตกลงและข้อตัดสินใจของที่ประชมสุดยอดอาเซียนที่อยู่ในขอบข่ายการดําเนินงานของตน และเสริมสร้างความร่วมมือในสาขาของ แต่ละองค์กรให้เข้มแข็งขึ้น เพื่อสนับสนุนการรวมตัวของประชาคมอาเซียน

5. เลขาธิการอาเซียนและสํานักเลขาธิการอาเซียน (Secretary-General of ASEAN and ASEAN Secretariat)

สำนักเลขาธิการอาเซียนได้จัดตั้งขึ้นตามข้อตกลงที่ลงนามโดยรัฐมนตรีต่างประเทศ อาเซียนในระหว่างการประชมสุดยอดอาเซียน ครั้งท ี่ 1 ในปี 2519 เพื่อทําหน้าท ี่ประสานงานและดําเนินงานตามโครงการและกิจกรรมต่างๆของสมาคมอาเซียน และเป็นศูนย์กลางในการติดต่อระหว่าง สมาคมอาเซียนคณะกรรมการตลอดจนสถาบนต่างๆและรัฐบาลของประเทศสมาชิก

สํานักเลขาธิการการอาเซียนตั้งอยู่ที่กรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย โดยมีหัวหน้าสํานักงาน เรียกว่า “เลขาธิการอาเซียน” (ASEAN Secretary-General)ซึ่งได้รับการแต่งตั้งโดยทที่ประชุมสุดยอดอาเซียนโดยมีวาระการดํารงตําแหน่ง 5 ปีและต้องได้รับเลือกจากคนชาติของรัฐสมาชิก โดยหมนเวียนตามลําดับตัวอักษร ผู้ดํารงตําแหน่งเลขาธิการอาเซียนคนปัจจุบันเป็นคนบรูไน คือ ดาโต๊ะ ปาดูกา ลิม จ๊อก ฮอย