Het Dalton College heeft een medezeggenschapsraad (MR) bestaande uit ouders, leerlingen, docenten en onderwijsondersteunend personeel. De gezamenlijke inbreng in de MR van onderwijspersoneel, ouders en leerlingen bepaalt mede de kwaliteit van het onderwijs op school. De functie van de MR is het volgen en toetsen van het beleid van de schoolleiding. De MR heeft het recht om alle onderwerpen te bespreken die de school betreffen.
Omdat het Dalton College onderdeel is van de Stichting Scholengroep Spinoza bestaat er ook een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR).
De ouders van de leerlingen van het Dalton zijn georganiseerd in de oudervereniging. Het bestuur van de Oudervereniging - de Ouderraad - vergadert elke maand en bespreekt in aanwezigheid van een lid van de schoolleiding zaken die voor de ouders van belang zijn. Daarnaast organiseert de Ouderraad allerlei activiteiten, waarbij de beroepenoriëntatie-avond en de thema-avond (die aansluitend aan de jaarvergadering wordt gehouden) hoogtepunten zijn.
De leerlingengeleding van de medezeggenschapsraad buigt zich regelmatig over zaken die de leerlingen aangaan. Er is een leerlingenstatuut opgesteld. De leerlingenraad fungeert als achterban voor de leerlingvertegenwoordigers in de medezeggenschapsraad. De leerlingenraad wordt begeleid door Arjaan Verheule.
De leerlingen van het Dalton College zijn allemaal lid van de leerlingenvereniging Scorpio. Zij kunnen dan ook rekenen op een aantal activiteiten, die voor hen worden georganiseerd. Vooral door de schoolfeesten en het “Chez Scorpio galadiner” voor de eindexamenleerlingen is de leerlingenvereniging niet meer weg te denken uit het schoolleven van het Dalton College. De docenten Renske Luijten, Ties van der Heiden en Tijs Boef coördineren Scorpio samen met leerlingen.
Deze uit de oud-leerlingenvereniging ontstane stichting is genoemd naar de in 1988 overleden conrector Jan de Vries. De stichting stelt zich ten doel leerlingen financieel te ondersteunen in nijpende situaties. Daarnaast organiseert zij in samenwerking met de school elke 5 jaar een reünie voor oud-leerlingen. Het bestuur bestaat uit 2 oud-leerlingen, een lid van de schoolleiding, een lid van het personeel en een vertegenwoordiger uit de Ouderraad.