파송 받은 날로부터 6년이 지난 선교사 중 신체적, 정신적으로 극히 허약하여 치료를 요할 경우나 본국 사역 이외에 선교지를 떠나야 하는 개인적인 사유가 발생할 경우 휴직할 수 있다. 단 훈련 등의 이유로 사역지를 1개월 이상 비우는 경우는 그 날수만큼 파송일에 더한 날을 기준으로 한다.

휴직기간은 30일 이상 1년 미만으로 하며 필요한 경우 2년까지 연장할 수 있다. 휴직 사유가 2년 이상 될 경우에는 사직하여야 한다.

휴직 사유를 상세히 기록한 신청서(B-79)를 지부와 파송 교회의 동의를 받아 본부에 제출한다.

휴직 사유가 해소되면 선교사는 즉시 보고하고 복직 절차를 밟아야 한다.

한 번 휴직한 후 1년 이내나 휴직기간의 2배가 되는 기간 내에는 다시 휴직을 신청할 수 없다.