AnvioVM

Tenemos disponible una imagen para ser usada con el virtualizador VirtualBox que tiene el sistema operativo Linux Lubuntu 14.03 con varios de los programas usados para metagenómica, además de varios scripts útiles.

Esta imagen no se recomienda para análisis que requieran muchos recursos, como metagenómica funcional, para esto es necesario usar un servidor bioinformático como biobacter.

Especificaciones de la computadora en donde se instalará:

Nombre: AnvioVM

Tamaño: 3.87 Gb

Versión: 0.0.3

Otras versiones disponibles

Google Drive: AnvioVM.v0.0.3.ova

Nota: al ser una archivo muy grande, puede tardar horas en descargarse.

Instalación

una vez instalado Virtualbox para sistema operativo de 64 bits, solo es necesario importar la imagen (.ova) desde el menú Archivo -> Importar servicio virtualizado. Cuando termine de importarse, es conveniente en configuración de aumentar la memoria y los CPUs a usar dependiendo de lo que tenga la computadora disponible. Se recomienda subir a por lo menos 2 Gb RAM y 2 núcleos (CPUs).

Es posible que no funcione Virtualbox por que computadora no tenga permitida la virtualización en el bios del sistema. Para corregir esto es necesario entrar al bios justo cuando se prende la computadora y permitir la virtualización. Para entrar al bios es necesario consultar el manual de cada maquina pues suele variar entre marcas.

Una vez importado, hay que arrancarlo desde VirtualBox y ya que cargue, descomprimir las bases de datos abriendo una terminal (Ctrl+Alt+T) y ejecutar un script:

$ ./run_me_first.sh

En caso de necesitarse, el password es:

user: anvio

passwd: anvio01

Actualización

Se pueden descargar los siguientes archivos para actualizar la máquina virtual:

Rplots_anvioVM.zip Scripts en R para gráficar resultados del análisis de 16S taxonomic fingerprinting
gene-calls_Dietas.tax.gz Archivo con la taxonomía Anvio para el set de datos Dietas
gene-calls_IGT.tax.gz Archivo con la taxonomía Anvio para el set de datos Infant Gut Tutorial

Programas instalados

anvio 5.5 (virtualenv)

FOCUS 1.4

jellyfish 2.2.10

blast+ 2.2.28-2

cutadapt 1.18

diamond 0.9.24.125

fastqc 0.11.8

fastx toolkit 0.0.13

flash 1.2.11

KronaTools 2.7

MaxBin 2.2.1

bowtie2 2.2.3

FragGeneScan 1.31

hmmr 3.1b1

idba 1.1.1

megahit 1.1.3

mg_pipeline

chimera_detector 1.4.1

mg_classifier 1.8.1

pair-end_cleaner 1.0.1

databases (mg_pipeline)

EzBioCloud 1.5

EzBioCloud-LGM 311218

SILVA 132 V3-V4

muscle 3.8.31

pairfq 0.17.0

pear 0.9.2

prinseq-lite 0.20.4

R 3.5.1

ampvis2

ggplot2 3.2.1

iNEXT 2.0.17

phyloseq 1.24.2

vegan 2.5.3

RStudio 3.5.1

ribotagger 0.8.0

seqtk 1.3-r106

STAMP 2.1.3

TreeViewX 0.5

trim_galore 0.5.0_dev

usearch 10.0.240

vsearch 2.14.1

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